PDB-1r0i: cadmium-substituted rubredoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r0i

タイトル

cadmium-substituted rubredoxin

要素

Rubredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / rubredoxin / iron-sulfur / Clostridium pasteurianum

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium pasteurianum (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C.J. / Guss, J.M. / Wedd, A.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Metal-substituted derivatives of the rubredoxin from Clostridium pasteurianum.
著者: Maher, M. / Cross, M. / Wilce, M.C. / Guss, J.M. / Wedd, A.G.

履歴

登録	2003年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r0i.cif.gz	23.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r0i.ent.gz	14.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1r0i_validation.pdf.gz	407.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1r0i_full_validation.pdf.gz	407.9 KB	表示
XML形式データ	1r0i_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	1r0i_validation.cif.gz	5.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/1r0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/1r0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r0fC 1r0gC 1r0hC 1r0jC 1iroS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1r0h-d 1iro-d 1r0f-d 1r0j-d 1fhm-d 1fhh-d 1irn-d 1t9q-d 1r0g-d 2pvx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Rubredoxin

ヘテロ分子

6.16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.294, 64.294, 32.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Rubredoxin / Rd 分子量: 6051.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア) プラスミド: pkk223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00268
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.7 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 4.6 / PH range high: 4

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	7-20 mg/ml	protein	1	drop
2	50-67 %sat	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.05 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.0-4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 7544 / Num. obs: 7544 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	最高解像度: 1.5 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 66.4
反射	PLUS Num. measured all*: 29513
反射シェル	PLUS % possible obs: 66.4 % / R_merge(I) obs*: 0.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1iro

1iro

解像度: 1.5→18.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 0.991 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The Rfree set was correctly assigned. The R(work) and R(free) values were 0.315 and 0.348, respectively at the commencement of the ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14561	347	4.6 %	RANDOM
R_work	0.14627	-	-	-
obs	0.14624	7194	100 %	-
all	-	7541	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.633 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.75 Å²	-0.38 Å²	0 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	423	0	1	41	465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.978	600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.775	3	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.788	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	74
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.257	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.624	1.5	267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.209	2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.832	3	173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.99	4.5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.206	21
R_work	0.147	366
obs	-	366

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.9662 Å / Origin y: 25.184 Å / Origin z: 17.9664 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0245 Å²	-0.0001 Å²	0.0029 Å²	-	0.0103 Å²	-0.0053 Å²	-	-	0.0031 Å²
L	2.0505 °²	-0.201 °²	-0.2977 °²	-	1.0729 °²	-0.081 °²	-	-	0.8804 °²
S	-0.0177 Å °	0.0801 Å °	0.0545 Å °	-0.0356 Å °	0.0229 Å °	0.0512 Å °	-0.0107 Å °	-0.0259 Å °	-0.0052 Å °

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 19 Å / Num. reflection obs: 7541 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.146 / R_factor R_work: 0.146

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.2

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関連情報:EMDBヘッダ

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