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万見
- PDB-1r02: Solution structure of Human Orexin-A:Regulator of Appetite and Wa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r02
タイトルSolution structure of Human Orexin-A:Regulator of Appetite and Wakefulness
要素Orexin-A
キーワードNEUROPEPTIDE / turn / helix-loop-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


type 1 orexin receptor binding / type 2 orexin receptor binding / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of transmission of nerve impulse / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuronal dense core vesicle lumen / regulation of neurotransmitter secretion / neuropeptide hormone activity / sleep / positive regulation of calcium ion transport ...type 1 orexin receptor binding / type 2 orexin receptor binding / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of transmission of nerve impulse / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuronal dense core vesicle lumen / regulation of neurotransmitter secretion / neuropeptide hormone activity / sleep / positive regulation of calcium ion transport / response to alcohol / eating behavior / temperature homeostasis / response to starvation / negative regulation of DNA replication / negative regulation of potassium ion transport / neuropeptide signaling pathway / rough endoplasmic reticulum / excitatory postsynaptic potential / synaptic vesicle / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynapse / perinuclear region of cytoplasm / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Prepro-orexin / Prepro-orexin
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypocretin neuropeptide precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Kim, H.-Y. / Hong, E. / Kim, J.-I. / Lee, W.
引用ジャーナル: J.Biochem.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of human orexin-A: regulator of appetite and wakefulness.
著者: Kim, H.Y. / Hong, E. / Kim, J.I. / Lee, W.
履歴
登録2003年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_entity_src_syn.details ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orexin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5881
ポリマ－3,5881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3350 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Orexin-A / hypocretin-1


分子量: 3588.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43612
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
1422D NOESY
1522D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM orexin-A; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM orexin-A; 50mM phosphate buffer; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM K2HPO4 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger構造決定
XwinNMR2Bruker解析
NMRPipe1.7Delagio解析
Sparky3.6Goddardデータ解析
CNS1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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