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- PDB-1qzw: Crystal structure of the complete core of archaeal SRP and implic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qzw
タイトルCrystal structure of the complete core of archaeal SRP and implications for inter-domain communication
要素
  • 7S RNA
  • Signal recognition 54 kDa protein
キーワードSignaling Protein/RNA / Signal recognition particle / SRP / ribonucleoprotein complex / protein-RNA complex / protein targeting / Signaling Protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能
SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain ...SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Signal recognition particle 54 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Rosendal, K.R. / Wild, K. / Montoya, G. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the complete core of archaeal signal recognition particle and implications for interdomain communication
著者: Rosendal, K.R. / Wild, K. / Montoya, G. / Sinning, I.
履歴
登録2003年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
Remark 650HELIX DETERMINED METHOD: Authors determined
Remark 700SHEET DETERMINED METHOD: Authors determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 7S RNA
D: 7S RNA
F: 7S RNA
H: 7S RNA
A: Signal recognition 54 kDa protein
C: Signal recognition 54 kDa protein
E: Signal recognition 54 kDa protein
G: Signal recognition 54 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,0748
ポリマ－260,0748
非ポリマー00
水00
1
B: 7S RNA
A: Signal recognition 54 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0192
ポリマ－65,0192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 7S RNA
C: Signal recognition 54 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0192
ポリマ－65,0192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: 7S RNA
E: Signal recognition 54 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0192
ポリマ－65,0192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: 7S RNA
G: Signal recognition 54 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0192
ポリマ－65,0192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.763, 137.763, 307.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.9996, -0.0075, -0.02731), (0.0072, -0.99991, 0.01089), (-0.02739, 0.01069, 0.99957)-66.44145, 118.9755, -0.65354
3given(-0.49638, -0.86804, 0.01022), (-0.86794, 0.49602, -0.02543), (0.017, -0.02149, -0.99962)-0.16039, 1.77392, 207.51863
4given(0.4965, -0.86803, 0.00268), (-0.86802, -0.49647, 0.00788), (-0.00551, -0.00624, -0.99997)69.02411, 118.55315, 103.94876

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要素

#1: RNA鎖
7S RNA


分子量: 15555.170 Da / 分子数: 4 / 断片: SRP RNA helix 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 解説: in vitro translation / 遺伝子: 7S RNA / プラスミド: pUC18
#2: タンパク質
Signal recognition 54 kDa protein / SRP54


分子量: 49463.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SRP54 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q97ZE7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Ammonium sulphate, sodium chloride, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium sulphate11
2sodium chloride11
3sodium acetate11
4H2O11
5Ammonium sulphate12
6sodium acetate12
7H2O12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Rosendal, K.R., (2004) Acta Crystallogr.,Sect.D, 60, 140.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
21.26 Mammonium sulfate1reservoirpH4.5
3200 mM1reservoirNaCl
41
51
61
71

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→30 Å / Num. obs: 50447 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 4.1→4.32 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 7462 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. obs: 49660 / % possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 4.31 Å / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.481

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1J8M

1j8m


解像度: 4.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1576917.54 / Data cutoff high rms absF: 1576917.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure factor data associated with this file is from twinned crystal. To use structure factor data, this data will have to be detwinned.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3869 4666 9.3 %SHELLS
Rwork0.3395 ---
all-51112 --
obs-49660 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.4117 Å2 / ksol: 0.105512 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.73 Å0.64 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13596 4124 0 0 17720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0122
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.266
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork
4.1-4.290.474658590.43186729
4.29-4.510.44645890.399
4.51-4.790.43025880.3769
4.79-5.160.43075790.3948
5.16-5.680.42855990.4161
5.68-6.490.46346300.3929
6.49-8.150.3985530.3153
8.15-300.29545430.2575
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-ALLATOM.PARAMDNA-RNA-ALLATOM.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 4.1 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 9 % / Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.34
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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