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- PDB-1qyw: Crystal structure of human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qyw
タイトルCrystal structure of human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase complex with androstanedione and NADP
要素Estradiol 17 beta-dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / 17bHSD1 / androstanedione / C19-steroid / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / small molecule binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5ALPHA-ANDROSTAN-3,17-DIONE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Shi, R. / Lin, S.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Cofactor hydrogen bonding onto the protein main chain is conserved in the short chain dehydrogenase/reductase family and contributes to nicotinamide orientation.
著者: Shi, R. / Lin, S.X.
履歴
登録2003年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32016年10月12日Group: Advisory
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN Several atoms belonging to Nicotinamide part of HETNAM 'NAP' could not be modeled and are ...HETEROGEN Several atoms belonging to Nicotinamide part of HETNAM 'NAP' could not be modeled and are missing from the coordinates

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estradiol 17 beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0124
ポリマ－34,8881
非ポリマー1,1243
水3,927218
1
A: Estradiol 17 beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Estradiol 17 beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0248
ポリマ－69,7762
非ポリマー2,2486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.646, 43.926, 60.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -X, Y, -Z.

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要素

#1: タンパク質 Estradiol 17 beta-dehydrogenase 1 / 17-beta-HSD 1 / Placental 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 20 alpha- hydroxysteroid ...17-beta-HSD 1 / Placental 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 20 alpha- hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / E2DH


分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: placenta / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-5SD / 5ALPHA-ANDROSTAN-3,17-DIONE / 5α-アンドロスタン-3,17-ジオン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, magnisum chloride, beta-octylglucoside, HEPES, glycerol, soaking with dihydrotestosterone and NADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月12日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→20 Å / Num. obs: 38394 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.53 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 2.47 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3886 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1JTV

1jtv


解像度: 1.63→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.249 1867 random
Rwork0.209 --
obs-38107 -
原子変位パラメータBiso mean: 32.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2116 0 54 218 2388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.701 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.335 214
Rwork0.268 -
obs-4440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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