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- PDB-1qyr: 2.1 Angstrom Crystal structure of KsgA: A Universally Conserved A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qyr
タイトル2.1 Angstrom Crystal structure of KsgA: A Universally Conserved Adenosine Dimethyltransferase
要素High level Kasugamycin resistance protein
キーワードTRANSFERASE / TRANSLATION / Kasugamycin resistance / adenosine dimethyltransferase / rRNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / double-stranded DNA binding ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / double-stranded DNA binding / response to antibiotic / mRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者O'Farrell, H.C. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T. / Rife, J.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of KsgA, a universally conserved rRNA adenine dimethyltransferase in Escherichia coli
著者: O'Farrell, H.C. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P.
履歴
登録2003年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High level Kasugamycin resistance protein
B: High level Kasugamycin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9772
ポリマ－55,9772
非ポリマー00
水4,252236
1
A: High level Kasugamycin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9881
ポリマ－27,9881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: High level Kasugamycin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9881
ポリマ－27,9881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.912, 38.428, 82.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.005, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細The Biological assembly is one monomer. The assymetric unit contains two monomers

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要素

#1: タンパク質 High level Kasugamycin resistance protein / E.C.2.1.1.- / KsgA / Dimethyladenosine transferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) ...KsgA / Dimethyladenosine transferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / Kasugamycin dimethyltransferase


分子量: 27988.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ksgA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174
参照: UniProt: P06992, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 4000, 0.2M calcium acetate, 50mM TRIS, pH 7.4, 50 mM NH4Cl, 6mM B-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月21日 / 詳細: Osmic confocal optics
放射モノクロメーター: Osmic Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 33939 / Num. obs: 32474 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1647 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 76.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.157 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: TLS + Individual Isotropic B factors
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Refined also by CNS 1. The same test set was used in both CNS and REFMAC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23802 3159 10 %random
Rwork0.18901 ---
all0.19378 32656 --
obs0.19377 28356 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å21.05 Å2
2--1.94 Å20 Å2
3----0.73 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.263 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3876 0 0 236 4112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.9635395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.315502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7141.52532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31524105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28431428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6664.51290
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.279 209
Rwork0.218 1829
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94810.059-0.03950.3725-0.36191.7122-0.0245-0.05760.0560.0469-0.0706-0.0458-0.0805-0.00120.0950.0659-0.0041-0.03710.0642-0.00350.030545.533725.562520.5766
22.9461-0.105-1.31340.72-0.72132.56060.0104-0.21060.0303-0.0451-0.148-0.1833-0.12590.37950.13760.0487-0.009100.11580.05560.047162.915533.2071-5.1564
31.62310.4465-0.75270.51010.18130.8494-0.0725-0.0773-0.10420.0305-0.0108-0.0364-0.0120.04030.08330.05640.0085-0.01170.0013-0.00180.0869103.947841.8075-39.1212
46.33081.1531-3.38291.3317-1.63334.7289-0.4713-0.561-0.70720.16650.0644-0.19940.24810.41790.40690.10110.05660.08930.09880.06740.139282.445529.4999-19.4404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA17 - 1951 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2AA203 - 268187 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3BB17 - 1951 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4BB203 - 268187 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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