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万見
- PDB-1qyd: Crystal structures of pinoresinol-lariciresinol and phenylcoumara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qyd
タイトルCrystal structures of pinoresinol-lariciresinol and phenylcoumaran benzylic ether reductases, and their relationship to isoflavone reductases
要素pinoresinol-lariciresinol reductase
キーワードPLANT PROTEIN / NADPH-dependent aromatic alcohol reductases / PCBER / PLR / IFR / lignans / isoflavonoids
機能・相同性
機能・相同性情報


(-)-lariciresinol reductase / lariciresinol reductase activity / (-)-pinoresinol catabolic process / (+)-pinoresinol catabolic process / (-)-lariciresinol catabolic process / (-)-lariciresinol biosynthetic process / (+)-lariciresinol biosynthetic process / (+)-secoisolariciresinol biosynthetic process / (+)-pinoresinol reductase / (-)-pinoresinol reductase ...(-)-lariciresinol reductase / lariciresinol reductase activity / (-)-pinoresinol catabolic process / (+)-pinoresinol catabolic process / (-)-lariciresinol catabolic process / (-)-lariciresinol biosynthetic process / (+)-lariciresinol biosynthetic process / (+)-secoisolariciresinol biosynthetic process / (+)-pinoresinol reductase / (-)-pinoresinol reductase / lignan biosynthetic process / pinoresinol reductase activity
類似検索 - 分子機能
NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional pinoresinol-lariciresinol reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thuja plicata (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Min, T. / Kasahara, H. / Bedgar, D.L. / Youn, B. / Lawrence, P.K. / Gang, D.R. / Halls, S.C. / Park, H. / Hilsenbeck, J.L. / Davin, L.B. / Kang, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of pinoresinol-lariciresinol and phenylcoumaran benzylic ether reductases and their relationship to isoflavone reductases.
著者: Min, T. / Kasahara, H. / Bedgar, D.L. / Youn, B. / Lawrence, P.K. / Gang, D.R. / Halls, S.C. / Park, H. / Hilsenbeck, J.L. / Davin, L.B. / Lewis, N.G. / Kang, C.
履歴
登録2003年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pinoresinol-lariciresinol reductase
B: pinoresinol-lariciresinol reductase
C: pinoresinol-lariciresinol reductase
D: pinoresinol-lariciresinol reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4964
ポリマ－142,4964
非ポリマー00
水1,53185
1
A: pinoresinol-lariciresinol reductase
C: pinoresinol-lariciresinol reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2482
ポリマ－71,2482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: pinoresinol-lariciresinol reductase
D: pinoresinol-lariciresinol reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2482
ポリマ－71,2482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.574, 125.959, 128.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
pinoresinol-lariciresinol reductase


分子量: 35624.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thuja plicata (植物) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9LD14
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 8000, MES, NaCl, Ca Acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 %PEG80001reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.2
30.1 M1reservoirNaCl
40.1 Mcalcium acetate1reservoir
520 mMTris1droppH8.0
61 mMEDTA1drop
75 mMdithiothreitol1drop
850 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 33210 / Num. obs: 33210 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 36439

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1681 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.251 33210 --
obs0.235 31529 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9987 0 0 85 10072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.54
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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