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- PDB-1qwg: Crystal structure of Methanococcus jannaschii phosphosulfolactate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwg
タイトルCrystal structure of Methanococcus jannaschii phosphosulfolactate synthase
要素(2R)-phospho-3-sulfolactate synthase
キーワードLYASE / beta-alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphosulfolactate synthase / coenzyme M biosynthetic process / phosphosulfolactate synthase activity / sulfopyruvate decarboxylase activity
類似検索 - 分子機能
Phosphosulpholactate synthase / (2R)-phospho-3-sulpholactate synthase, ComA / (2R)-phospho-3-sulpholactate synthase, ComA superfamily / (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase (ComA) / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphosulfolactate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wise, E.L. / Graham, D.E. / White, R.H. / Rayment, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The structural determination of phosphosulfolactate synthase from Methanococcus jannaschii at 1.7-A resolution: an enolase that is not an enolase
著者: Wise, E.L. / Graham, D.E. / White, R.H. / Rayment, I.
履歴
登録2003年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6964
ポリマ－28,4071
非ポリマー2883
水4,360242
1
A: (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase
ヘテロ分子

A: (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase
ヘテロ分子

A: (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,08712
ポリマ－85,2223
非ポリマー8659
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area10140 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.789, 93.789, 93.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Cell settingcubic
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-473-

HOH

21A-474-

HOH

31A-498-

HOH

41A-499-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase / E.C.4.4.-.- / Phosphosulfolactate synthase / PSL synthase


分子量: 28407.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: ComA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus / 参照: UniProt: Q57703, Lyases; Carbon-sulfur lyases
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 100 mM succinate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
31 mM1dropMgCl2
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMsuccinate1reservoirpH4.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→90 Å / Num. all: 29827 / Num. obs: 29827 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 56.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 31689 / Num. measured all: 446003
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 68.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.744 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19269 1294 5 %RANDOM
Rwork0.17279 ---
obs0.17381 25348 81.8 %-
all-26642 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.062 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 15 242 2234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.9742726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46234304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9865250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.22182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6651.51237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26121980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1023790
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4884.5746
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.253 32
Rwork0.273 645
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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