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万見
- PDB-1qv4: B-DNA Dodecamer CGTGAATTCACG complexed with minor groove binder m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qv4
タイトルB-DNA Dodecamer CGTGAATTCACG complexed with minor groove binder methylproamine
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / B-DNA / minor groove binder
機能・相同性Chem-MBB / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Squire, C.J. / Clark, G.R.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2004
タイトル: In vitro studies with methylproamine: a potent new radioprotector.
著者: Martin, R.F. / Broadhurst, S. / Reum, M.E. / Squire, C.J. / Clark, G.R. / Lobachevsky, P.N. / White, J.M. / Clark, C. / Sy, D. / Spotheim-Maurizot, M. / Kelly, D.P.
履歴
登録2003年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7923
ポリマ－7,3272
非ポリマー4661
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.440, 40.640, 66.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MBB / 2'-(3-METHYL-4-DIMETHYLAMINOPHENYL)-5-(4-METHYL-1-PIPERAZINYL)-2,5'-BI-BENZIMIDAZOLE


分子量: 465.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 %

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 0.71073 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1997年10月11日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→500 Å / Num. obs: 2513 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SiemensSMARTデータ収集
SAINT& SADABSデータ削減
CNS精密化
SMART(SIEMENS)データ削減
SAINTデータスケーリング
SADABSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 236 9.3 %
Rwork0.228 --
all0.22 --
obs0.22 2320 91.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 35 8 529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.35
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0562
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.352.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2mpro.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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