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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1quf | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF A COMPLEX NADP+-FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE FROM THE CYANOBACTERIUM ANABAENA PCC 7119 AT 2.25 ANGSTROMS | ||||||
![]() | FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / NADP / FAD / THYLAKOID MEMBRANE / HYCOBILISOME / FNR / NADP+ REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADPH dehydrogenase activity / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transport chain / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Serre, L. / Frey, M. / Vellieux, F.M.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of the ferredoxin:NADP+ reductase from the cyanobacterium Anabaena PCC 7119 at 1.8 A resolution, and crystallographic studies of NADP+ binding at 2.25 A resolution. 著者: Serre, L. / Vellieux, F.M. / Medina, M. / Gomez-Moreno, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Frey, M. #1: ![]() タイトル: Crystals of Anabaena Pcc 7119 Ferredoxin-Nadp+ Reductase 著者: Serre, L. / Medina, M. / Gomez-Moreno, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Frey, M. #2: ![]() タイトル: Sequence of the Ferredoxin-Nadp(+)-Reductase Gene from Anabaena Pcc 7119 著者: Fillat, M.F. / Bakker, H.A. / Weisbeek, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34173.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: SEE REFERENCE 1., pH 5.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 15544 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.735 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 34 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 48735 / Rmerge(I) obs: 0.0735 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 34 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ANABAENA NATIVE FNR X-RAY MODEL AT 1.8 ANGSTROMS 解像度: 2.25→15 Å / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.42 Å
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.24 |