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万見
- PDB-1qu9: 1.2 A CRYSTAL STRUCTURE OF YJGF GENE PRODUCT FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qu9
タイトル1.2 A CRYSTAL STRUCTURE OF YJGF GENE PRODUCT FROM E. COLI
要素YJGF PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / deaminase activity / isoleucine biosynthetic process / protein homotrimerization / response to toxic substance / unfolded protein binding / protein-containing complex ...2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / deaminase activity / isoleucine biosynthetic process / protein homotrimerization / response to toxic substance / unfolded protein binding / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Volz, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: A test case for structure-based functional assignment: the 1.2 A crystal structure of the yjgF gene product from Escherichia coli
著者: Volz, K.
履歴
登録1999年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YJGF PROTEIN
B: YJGF PROTEIN
C: YJGF PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1173
ポリマ－41,1173
非ポリマー00
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.22, 72.22, 72.22
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-256-

HOH

21A-284-

HOH

31A-345-

HOH

41B-456-

HOH

51B-484-

HOH

61B-545-

HOH

71C-656-

HOH

81C-684-

HOH

91C-745-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 YJGF PROTEIN


分子量: 13705.514 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39330, UniProt: P0AF93*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 8.1
詳細: 50 mM tris HCL, 2.35 M ammonium sulphate, pH 8.1, microdialysis, temperature 4K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 8.5 / PH range high: 7.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMTris-HCl11
22.35 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 75 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.961
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 118474 / Num. obs: 112350 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / Num. unique all: 18335 / % possible all: 90.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
PROFFT精密化
SMARTデータ削減
SAINTデータ削減
SMARTデータスケーリング
SAINTデータスケーリング
精密化解像度: 1.2→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rwork0.164 --
all-112350 -
obs-103863 87.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 9.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2847 0 0 474 3321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0480.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.7271
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.1241.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.1451
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.7941.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1310.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1640.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1420.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1320.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.63
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.815
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor15.620
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 1.27 Å / Rfactor Rwork: 0.141 / Num. reflection obs: 18335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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