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万見
- PDB-1qu3: INSIGHTS INTO EDITING FROM AN ILE-TRNA SYNTHETASE STRUCTURE WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qu3
タイトルINSIGHTS INTO EDITING FROM AN ILE-TRNA SYNTHETASE STRUCTURE WITH TRNA(ILE) AND MUPIROCIN
要素
  • ISOLEUCYL-TRNA
  • ISOLEUCYL-TRNA SYNTHETASE
キーワードLIGASE/RNA / SHUTTLING MECHANISM / EDITING TRNA SYNTHETASE / DOUBLE-SIEVE / METAL IONS / HYDROLYTIC FUNCTION / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


isoleucine-tRNA ligase / isoleucine-tRNA ligase activity / isoleucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ile-tRNA synthetase CP2 domain-like / Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS) / : / Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / hypothetical protein PF0899 fold / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Zinc finger, FPG/IleRS-type ...Ile-tRNA synthetase CP2 domain-like / Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS) / : / Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / hypothetical protein PF0899 fold / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Zinc finger, FPG/IleRS-type / Zinc finger found in FPG and IleRS / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MUPIROCIN / RNA / RNA (> 10) / Isoleucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Silvian, L.F. / Wang, J. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Insights into editing from an ile-tRNA synthetase structure with tRNAile and mupirocin.
著者: Silvian, L.F. / Wang, J. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Metal Ions that Stabilize the tRNA and Mediate the Recognition by its Cognate Synthetase
著者: Wang, J. / Silvian, L.F. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Switching from a Resting to Synthetic and Hydrolytic Modes in Editing tRNA Synthetases
著者: Wang, J. / Silvian, L.F. / Steitz, T.A.
#3: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Based Drug Design Against Mupirocin Resistant Staphylococcus Aureus
著者: Wang, J. / Silvian, L.F. / Steitz, T.A.
履歴
登録1999年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: ISOLEUCYL-TRNA
A: ISOLEUCYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8604
ポリマ－129,2942
非ポリマー5662
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.000, 100.000, 180.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 ISOLEUCYL-TRNA


分子量: 24236.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 ISOLEUCYL-TRNA SYNTHETASE / E.C.6.1.1.5 / ISOLEUCINE-TRNA LIGASE / ILERS


分子量: 105057.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41972, isoleucine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MRC / MUPIROCIN / 9-[(E)-4-[(2S,3R,4R,5S)-3,4-bis(oxidanyl)-5-[[(2S,3S)-3-[(2S,3S)-3-oxidanylbutan-2-yl]oxiran-2-yl]methyl]oxan-2-yl]-3-methyl-but-2-enoyl]oxynonanoic acid / PSEUDOMONIC ACID / ムピロシン


分子量: 500.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H44O9 / 詳細: MUPIROCIN BUILT IN WRONG CHIRALITY / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化手法: 蒸発脱水法 / 詳細: EVAPORATION
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.050 mMIleRS1drop
20.050 mMtRNA1drop
31 mMMupirocin1drop
412 %PEG60001reservoir
50.3 M1reservoirKCl
6100 mMsodium cacodylate1reservoir
7100 mM1reservoirMgSO4
82 mM1reservoirZnCl2
90.1 %beta-octyl glucopyranoside1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.009
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 23256 / Num. obs: 23256 / % possible obs: 89.5 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rsym value: 0.099
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.099

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解析

精密化解像度: 2.9→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 375201.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.345 809 4.7 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 17042 85.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.25 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2---14.98 Å20 Å2
3---14.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.72 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7113 1603 36 118 8870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.641.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it3.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 53 5.7 %
Rwork0.36 884 -
obs--16.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PADNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4XPLOR_PAIRS_STUF
X-RAY DIFFRACTION5XPLOR_PA
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.394 / % reflection Rfree: 5.7 % / Rfactor Rwork: 0.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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