[日本語] English
万見
- PDB-1qts: CRYSTAL STRUCTURE OF THE AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qts
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE
要素AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA SUBUNIT (ALPHA-ADAPTIN C)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / FOUR-WAVELENGTH MAD / SELENOMETHIONINE
機能・相同性
機能・相同性情報


LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / synaptic vesicle endocytosis / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / secretory granule / intracellular protein transport / kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein domain specific binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / TATA-Binding Protein / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / TATA-Binding Protein / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Traub, L.M. / Downs, M.A. / Westrich, J.L. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the alpha appendage of AP-2 reveals a recruitment platform for clathrin-coat assembly.
著者: Traub, L.M. / Downs, M.A. / Westrich, J.L. / Fremont, D.H.
履歴
登録1999年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA SUBUNIT (ALPHA-ADAPTIN C)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8291
ポリマ－27,8291
非ポリマー00
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.807, 72.749, 41.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA SUBUNIT (ALPHA-ADAPTIN C)


分子量: 27828.676 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: MUS MUSCULUS / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL4 / 参照: UniProt: P17427
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 1.3 M AMMONIUM SULFATE, 80 MM HEPES, 8% DIOXANE, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
21.3 Mammonium sulfate1reservoir
380 mMHEPES1reservoir
48 %dioxane1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 45711 / Num. obs: 45711 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 82.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 495848
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.1 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 23

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2291 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all-45632 --
obs-45632 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 0 244 2201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.942
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.562.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 168 4.2 %
Rwork0.26 3797 -
obs--84.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.001

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る