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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qsx | ||||||||||||||||||
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タイトル | SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE 2:1 HOECHST 33258-D(CTTTTGCAAAAG)2 COMPLEX | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(CP*キーワード | DNA / DRUG-DNA COMPLEX / HOECHST 33258 / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / MINOR GROOVE RECOGNITION / DOUBLE HELIX / NMR SPECTROSCOPY | 機能・相同性 | Chem-HT / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / 1NS RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS | データ登録者 | Gavathiotis, E. / Sharman, G.J. / Searle, M.S. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: Sequence-dependent variation in DNA minor groove width dictates orientational preference of Hoechst 33258 in A-tract recognition: solution NMR structure of the 2:1 complex with d(CTTTTGCAAAAG)(2). 著者: Gavathiotis, E. / Sharman, G.J. / Searle, M.S. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1990 タイトル: Sequence-Specific Interaction of Hoechst 33258 with the Minor Groove of an Adenine-Tract DNA Duplex Studied in Solution by 1H NMR Spectroscopy 著者: Searle, M.S. / Embrey, K.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qsx.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qsx.ent.gz | 18.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qsx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qsx_validation.pdf.gz | 416.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qsx_full_validation.pdf.gz | 417.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qsx_validation.xml.gz | 2.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qsx_validation.cif.gz | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3661.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SOLID PHASE SYNTHESIS #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.5mM Hoechst 33258-D(CTTTTGCAAAAG)2 100mM NaCl, 10mM NaH2PO4 buffer 溶媒系: D2O and 90% H20 10% D20 |
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試料状態 | pH: 7 / 温度: 288 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
精密化 | 手法: 1NS RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 |
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NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |