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- PDB-1qsc: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRAF DOMAIN OF TRAF2 IN A COMPLEX WITH A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qsc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TRAF DOMAIN OF TRAF2 IN A COMPLEX WITH A PEPTIDE FROM THE CD40 RECEPTOR
要素
  • CD40 RECEPTOR
  • TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / TNF SIGNALING / TRAF / CD40 RECEPTOR / ADAPTER PROTEIN / CELL SURVIVAL / COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


TORC2 complex disassembly / CD40 receptor binding / TORC1 complex assembly / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / sphingolipid binding / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / TRAF2-GSTP1 complex / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / CD27 signaling pathway / CD40 signaling pathway ...TORC2 complex disassembly / CD40 receptor binding / TORC1 complex assembly / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / sphingolipid binding / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / TRAF2-GSTP1 complex / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / CD27 signaling pathway / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor binding / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / negative regulation of glial cell apoptotic process / interleukin-17-mediated signaling pathway / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / programmed necrotic cell death / CD40 receptor complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / thioesterase binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / mRNA stabilization / regulation of immunoglobulin production / regulation of JNK cascade / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / non-canonical NF-kappaB signal transduction / vesicle membrane / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAF6 mediated IRF7 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of JUN kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / regulation of protein-containing complex assembly / protein autoubiquitination / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to nitric oxide / response to endoplasmic reticulum stress / T cell activation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of T cell cytokine production / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / cell cortex / protein-containing complex assembly / protein phosphatase binding / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / membrane raft / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / enzyme binding / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 2 / TNF receptor-associated factor 2, MATH domain / : / TRAF2, second zinc finger / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain ...TNF receptor-associated factor 2 / TNF receptor-associated factor 2, MATH domain / : / TRAF2, second zinc finger / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McWhirter, S.M. / Pullen, S.S. / Holton, J.M. / Crute, J.J. / Kehry, M.R. / Alber, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystallographic analysis of CD40 recognition and signaling by human TRAF2.
著者: McWhirter, S.M. / Pullen, S.S. / Holton, J.M. / Crute, J.J. / Kehry, M.R. / Alber, T.
履歴
登録1999年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2
B: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2
C: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2
D: CD40 RECEPTOR
E: CD40 RECEPTOR
F: CD40 RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0886
ポリマ－68,0886
非ポリマー00
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.110, 90.090, 92.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 / TRAF2


分子量: 21920.156 Da / 分子数: 3 / 断片: TRAF DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12933
#2: タンパク質・ペプチド CD40 RECEPTOR


分子量: 775.846 Da / 分子数: 3 / 断片: TRAF BINDING PEPTIDE / Mutation: V251I / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE DERIVED FROM HUMAN CD40
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MME-PEG 2000, MAGNESIUM CHLORIDE, BISTRIS PROPANE, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.00K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 %PEGMME20001reservoir
30.1 MBis-Tris-propane1reservoir
40.2 M1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンALS 5.0.210.9694
シンクロトロンSSRL BL1-521.006
検出器
タイプID検出器
NULL1CCD
2
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96941
21.0061
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 28075 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.317 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.4精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.4→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1274615.47 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1476 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 28791 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.4 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2---5.5 Å20 Å2
3---5.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-25 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4316 0 0 273 4589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTR
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rfree235 5.1 %
Rwork4402 -
obs-97.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 58.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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