PDB-1qsb: THE INTRODUCTION OF STRAIN AND ITS EFFECTS ON THE STRUCTURE AND S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qsb

タイトル

THE INTRODUCTION OF STRAIN AND ITS EFFECTS ON THE STRUCTURE AND STABILITY OF T4 LYSOZYME

要素

PROTEIN (LYSOZYME)

キーワード

HYDROLASE / STRAIN / STABILITY / MUTANT / T4 LYSOZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Liu, R. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
著者: Liu, R. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.

履歴

登録	1999年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qsb.cif.gz	47.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qsb.ent.gz	33.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qsb_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qsb_full_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示
XML形式データ	1qsb_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	1qsb_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qs5C 1qs9C 1qtbC 1qtcC 1qtdC 1qthC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l92-d 1dyg-d 1qs5-d 1c6c-d 2rbr-d 1l87-d 3g3x-d 1l43-d 231l-d 2rbo-d 1ov5-d 126l-d 181l-d 1epy-d 5kig-d 1l77-d 1lyi-d 1dya-d 4lzm-d 1l03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PROTEIN (LYSOZYME)

ヘテロ分子

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.990, 60.990, 96.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	PROTEIN (LYSOZYME) 分子量: 18433.168 Da / 分子数: 1 / 変異: A98C, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: M13 PHS1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.44 %

結晶化

pH: 7 / 詳細: pH 7.00

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	2.0 M	phosphate	1	reservoir
3	0.25 M		1	reservoir	NaCl
4		oxidized beta-mercaptoethanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→9.1 Å / Num. obs: 18718 / % possible obs: 90 % / B_iso Wilson estimate: 17.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 9.698
反射シェル	最高解像度: 1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.76

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
TNT	精密化
TNT	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CYS-FREE VERSION OF T4 LYSOZYME

解像度: 1.8→9.1 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.16	-	-
all	-	18718	-
obs	-	18718	90 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABENET SCALING / B_sol: 171.2 Å² / k_sol: 0.544 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1293	0	10	128	1431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.019	1320	0.8
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2.828	1771	1.3
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	14.42	805	0
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct	0
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0.011	34	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0.016	189	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0.057	21	7

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_deg	14.42	0
X-RAY DIFFRACTION	t_plane_restr	0.016	5

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)