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万見
- PDB-1qr4: TWO FIBRONECTIN TYPE-III DOMAIN SEGMENT FROM CHICKEN TENASCIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qr4
タイトルTWO FIBRONECTIN TYPE-III DOMAIN SEGMENT FROM CHICKEN TENASCIN
要素PROTEIN (TENASCIN)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TENASCIN / FIBRONECTIN TYPE-III / HEPARIN / EXTRACELLULAR MATRIX / ADHESION / FUSION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / signaling receptor binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. ...Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Piontek, K. / Bisig, D.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of a two fibronectin type-III domain segment from chicken tenascin encompassing the heparin- and contactin-binding regions.
著者: Bisig, D. / Weber, P. / Vaughan, L. / Winterhalter, K.H. / Piontek, K.
履歴
登録1999年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (TENASCIN)
B: PROTEIN (TENASCIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5222
ポリマ－40,5222
非ポリマー00
水1,56787
1
A: PROTEIN (TENASCIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2611
ポリマ－20,2611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (TENASCIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2611
ポリマ－20,2611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.240, 57.940, 72.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.02028, -0.99977, 0.00645), (0.96191, 0.01775, -0.2728), (0.27262, 0.01173, 0.96205)8.77566, 32.93981, 5.69305
2given(0.80229, -0.59446, 0.05429), (0.59223, 0.78128, -0.19713), (0.07477, 0.19031, 0.97887)3.9971, 37.67947, 8.22607

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (TENASCIN)


分子量: 20260.840 Da / 分子数: 2 / 断片: FNIII DOMAINS 5-6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR MATRIX / プラスミド: PDS9/56 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P10039
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
解説: DATA WERE COLLECTED AT THE SYNCHROTRON FACILITIES OF DESY/X31 AND ESRF/BM01A
結晶化pH: 5
詳細: 27% PEG2000, 100MM NAAC PH 4.5-5.0, 10-100 MM MGCL2/CACL2,
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
227 %PEG20001drop
3100 mM1dropNaAc
450-100 mM1dropMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 11344 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 70.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 68031
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FNF

1fnf


解像度: 2.55→17.8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1171 10 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 11325 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.36 Å
Luzzati d res low-12.5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→17.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 0 87 2787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.67 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.421 90
Rwork0.377 838
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 17.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.38
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.421 / Rfactor Rwork: 0.377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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