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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qr4 | ||||||
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タイトル | TWO FIBRONECTIN TYPE-III DOMAIN SEGMENT FROM CHICKEN TENASCIN | ||||||
![]() | PROTEIN (TENASCIN) | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / TENASCIN / FIBRONECTIN TYPE-III / HEPARIN / EXTRACELLULAR MATRIX / ADHESION / FUSION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / signaling receptor binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Piontek, K. / Bisig, D.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of a two fibronectin type-III domain segment from chicken tenascin encompassing the heparin- and contactin-binding regions. 著者: Bisig, D. / Weber, P. / Vaughan, L. / Winterhalter, K.H. / Piontek, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fnfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20260.840 Da / 分子数: 2 / 断片: FNIII DOMAINS 5-6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % 解説: DATA WERE COLLECTED AT THE SYNCHROTRON FACILITIES OF DESY/X31 AND ESRF/BM01A | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: 27% PEG2000, 100MM NAAC PH 4.5-5.0, 10-100 MM MGCL2/CACL2, | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 11344 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 70.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 68031 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FNF 解像度: 2.55→17.8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→17.8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.67 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 17.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 49.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.421 / Rfactor Rwork: 0.377 |