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- PDB-1qqy: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CANINE MILK LYSOZYME (APO-TYPE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qqy
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CANINE MILK LYSOZYME (APO-TYPE)
要素LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE / APO-TYPE PROTEIN / CALCIUM BINDING LYSOZYME / ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C, milk isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Koshiba, T. / Yao, M. / Tanaka, I. / Nitta, K.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structure and thermodynamics of the extraordinarily stable molten globule state of canine milk lysozyme.
著者: Koshiba, T. / Yao, M. / Kobashigawa, Y. / Demura, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Kuwajima, K. / Nitta, K.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1999
タイトル: Expression of a synthetic gene encoding canine milk lysozyme in Escherichia coli and characterization of the expressed protein
著者: Koshiba, T. / Hayashi, T. / Miwako, I. / Kumagai, I. / Ikura, T. / Kawano, K. / Nitta, K. / Kuwajima, K.
履歴
登録1999年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6221
ポリマ－14,6221
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.577, 68.577, 107.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME C


分子量: 14621.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / プラスミド: PLASMID PSCREEN 1-B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81708, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, tri-sodium citrate, ammonium acetate, EDTA, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium acetate1drop
330 %(w/v)PEG40001drop
41 mMEDTA1drop
50.1 Mtrisodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→100 Å / Num. obs: 13034 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 725 / % possible all: 82.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 199512
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EQL

1eql


解像度: 1.85→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1232 10 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all-13025 --
obs-12450 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: THROUGHOUT / Bsol: 62.4 Å2 / ksol: 0.449 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.565 Å21.235 Å20 Å2
2--2.565 Å20 Å2
3----5.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1018 0 0 81 1099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.414
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.347
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.294
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.854
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.849
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 35 8.1 %
Rwork0.21 397 -
obs--90.64 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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