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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qqu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE BETA TRYPSIN WITH BOUND ACETATE ION | ||||||
![]() | BETA TRYPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Johnson, A. / Gautham, N. / Pattabhi, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure at 1.63 A resolution of the native form of porcine beta-trypsin: revealing an acetate ion binding site and functional water network. 著者: Johnson, A. / Gautham, N. / Pattabhi, V. #1: ![]() タイトル: The First Crystal Structure at 1.8 Angstroms Resolution of an Active Autolysate Form of Porcine Alpha Trypsin 著者: Johnson, A. / Krishnaswamy, S. / Sundaram, P.V. / Pattabhi, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1aksS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23491.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE 223 AMINO ACIDS OF TRYPSIN ARE IDENTIFIED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and precipitant solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→23.62 Å / Num. obs: 21149 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.83 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / % possible all: 80.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR REPLCEMENT 開始モデル: 1AKS 解像度: 1.63→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'X-PLOR,REFMAC,CNS 0.9' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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