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- PDB-1qqk: THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7 (KERATINOCYTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qqk
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7 (KERATINOCYTE GROWTH FACTOR)
要素FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / BETA-TREFOIL / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


secretion by lung epithelial cell involved in lung growth / FGFR2b ligand binding and activation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / PI-3K cascade:FGFR2 / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / positive regulation of keratinocyte proliferation ...secretion by lung epithelial cell involved in lung growth / FGFR2b ligand binding and activation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / PI-3K cascade:FGFR2 / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / positive regulation of keratinocyte proliferation / Negative regulation of FGFR2 signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / phosphatidylcholine biosynthetic process / positive regulation of myoblast proliferation / mesenchymal cell proliferation / positive regulation of keratinocyte migration / phospholipid biosynthetic process / branching involved in salivary gland morphogenesis / regulation of synapse maturation / surfactant homeostasis / endothelial cell proliferation / protein localization to cell surface / RAF/MAP kinase cascade / hair follicle morphogenesis / positive chemotaxis / chemoattractant activity / myoblast proliferation / positive regulation of cell division / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / ovarian follicle development / neurogenesis / positive regulation of endothelial cell proliferation / lung development / regulation of cell migration / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / GABA-ergic synapse / heparin binding / actin cytoskeleton organization / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ye, S. / Luo, Y. / Pelletier, H. / McKeehan, W.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structural basis for interaction of FGF-1, FGF-2, and FGF-7 with different heparan sulfate motifs.
著者: Ye, S. / Luo, Y. / Lu, W. / Jones, R.B. / Linhardt, R.J. / Capila, I. / Toida, T. / Kan, M. / Pelletier, H. / McKeehan, W.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The glycine box: a determinant of specificity for fibroblast growth factor
著者: Luo, Y. / Lu, W. / Mohamedali, K.A. / Jang, J.H. / Jones, R.B. / Gabriel, J.L. / Kan, M. / McKeehan, W.L.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Human KGF is FGF-related with properties of a paracrine effector of epithelial cell growth.
著者: Finch, P.W. / Rubin, J.S. / Miki, T. / Ron, D. / Aaronson, S.A.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structure of a heparin-linked biologically active dimer of fibroblast growth factor.
著者: DiGabriele, A.D. / Lax, I. / Chen, D.I. / Svahn, C.M. / Jaye, M. / Schlessinger, J. / Hendrickson, W.A.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Heparin structure and interactions with basic fibroblast growth factor.
著者: Faham, S. / Hileman, R.E. / Fromm, J.R. / Linhardt, R.J. / Rees, D.C.
履歴
登録1999年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5402
ポリマ－32,5402
非ポリマー00
水2,306128
1
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2701
ポリマ－16,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2701
ポリマ－16,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.1, 169.1, 62.6
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 FIBROBLAST GROWTH FACTOR 7


分子量: 16269.858 Da / 分子数: 2 / 断片: FGF-7BETA (SER-54) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: PROSTATE / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02195
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: SODIUM PHOSPHATE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.0
32.56 Msodium potassium phosphate1reservoirpH5.0
40.1 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 99 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9296
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9296 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 8036 / Num. obs: 8036 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / % possible all: 81.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 48247
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.1→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 702 -RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.261 7381 --
obs0.242 6920 84 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 0 128 2157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.131
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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