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- PDB-1qqh: 2.1 A CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PAPILLOMAVIRUS TYPE 18 E2 AC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qqh
タイトル2.1 A CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PAPILLOMAVIRUS TYPE 18 E2 ACTIVATION DOMAIN
要素PAPILLOMAVIRUS TRANSCRIPTION FACTOR E2
キーワードVIRAL PROTEIN / AMPHIPATHIC HELIX / CASHEW/KIDNEY SHAPE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / viral DNA genome replication / host cell mitochondrial membrane / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal ...Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / Beta Complex / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Harris, S.F. / Botchan, M.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the human papillomavirus type 18 E2 activation domain.
著者: Harris, S.F. / Botchan, M.R.
履歴
登録1999年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAPILLOMAVIRUS TRANSCRIPTION FACTOR E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4811
ポリマ－16,4811
非ポリマー00
水2,558142
1
A: PAPILLOMAVIRUS TRANSCRIPTION FACTOR E2

A: PAPILLOMAVIRUS TRANSCRIPTION FACTOR E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9622
ポリマ－32,9622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)76.240, 76.240, 158.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-355-

HOH

21A-364-

HOH

31A-400-

HOH

41A-428-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PAPILLOMAVIRUS TRANSCRIPTION FACTOR E2


分子量: 16481.137 Da / 分子数: 1 / 断片: AMINO ACIDS 70-213 OF N-TERMINAL ACTIVATION DOMAIN / 変異: R90A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 18 / プラスミド: PGEX-2TK (GST FUSION) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: CONSISTENT WITH VARIANT GENBANK HPU89349 / 参照: UniProt: P06790
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18-12 mg/mlprotein1drop
2100 mM1dropNaCl
325 mMTris-HCl1drop
45 %glycerol1drop
510 mMdithiothreitol1drop
61.2-1.4 Mammonium phosphate1reservoir
7100 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
31
41
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2MADMx-ray1
3MADMx-ray1
4MADMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 16635 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.437
反射
*PLUS
Num. measured all: 135695

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2277455.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1672 10.4 %
Rwork0.256 --
obs0.256 16126 97.2 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.68 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.66 Å26.9 Å20 Å2
2--4.66 Å20 Å2
3----9.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1154 0 0 142 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 259 10.5 %
Rwork0.333 2213 -
obs--91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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