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万見
- PDB-1qqf: N-TERMINALLY TRUNCATED C3D,G FRAGMENT OF THE COMPLEMENT SYSTEM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qqf
タイトルN-TERMINALLY TRUNCATED C3D,G FRAGMENT OF THE COMPLEMENT SYSTEM
要素PROTEIN (COMPLEMENT C3DG)
キーワードIMMUNE SYSTEM / ALPHA-ALPHA BARREL / COMPLEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / Regulation of Complement cascade / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / tolerance induction / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Peptide ligand-binding receptors / vascular associated smooth muscle cell differentiation / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding ...Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / Regulation of Complement cascade / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / tolerance induction / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Peptide ligand-binding receptors / vascular associated smooth muscle cell differentiation / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of developmental growth / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / innervation / G alpha (i) signalling events / Neutrophil degranulation / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to magnesium ion / complement activation, classical pathway / response to progesterone / positive regulation of phagocytosis / response to glucocorticoid / response to bacterium / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / response to estrogen / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / response to estradiol / retina development in camera-type eye / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor ligand activity / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / innate immune response / lipid binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain ...Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Immunoglobulin-like fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Zanotti, G. / Bassetto, A. / Battistutta, R. / Stoppini, M. / Berni, R.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2000
タイトル: Structure at 1.44 A resolution of an N-terminally truncated form of the rat serum complement C3d fragment.
著者: Zanotti, G. / Bassetto, A. / Battistutta, R. / Folli, C. / Arcidiaco, P. / Stoppini, M. / Berni, R.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: X-Ray Crystal Structure of C3D: A C3 Fragment and Ligand for Complement Receptor 2
著者: Nagar, B. / Jones, R.G. / Diefenbach, R.J. / Isenman, D.E. / Rini, J.M.
履歴
登録1999年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年1月21日Group: Refinement description
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (COMPLEMENT C3DG)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1671
ポリマ－31,1671
非ポリマー00
水5,945330
1
A: PROTEIN (COMPLEMENT C3DG)

A: PROTEIN (COMPLEMENT C3DG)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3352
ポリマ－62,3352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)68.430, 68.430, 117.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-85-

HOH

詳細dimer generated from the monomer of the asymmetric unit and a second monomer related to the first by a crystallographic twofold axis

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (COMPLEMENT C3DG)


分子量: 31167.398 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINALLY TRUNCATED FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P01026
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 24% PEG 6000, K PHOSPHATE 50 MM, pH 7.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 38 %
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
20.01 MTris-HCl1drop
325-30 %(w/v)PEG60001reservoir
40.05 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→26.9 Å / Num. obs: 50041 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル解像度: 1.45→1.62 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / % possible all: 97.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 % / Num. unique obs: 13685 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.45→10 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ANISOTROPIC B FACTORS IN THE LAST CYCLES
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.217 2487 RANDOM
all0.164 49740 -
obs0.161 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2198 0 0 330 2528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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