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- PDB-1qq5: STRUCTURE OF L-2-HALOACID DEHALOGENASE FROM XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qq5
タイトルSTRUCTURE OF L-2-HALOACID DEHALOGENASE FROM XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS
要素PROTEIN (L-2-HALOACID DEHALOGENASE)
キーワードHYDROLASE / L-2-HALOACID DEHALOGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...L-2-Haloacid dehalogenase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / (S)-2-haloacid dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of intermediates in the dehalogenation of haloalkanoates by L-2-haloacid dehalogenase.
著者: Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Three-Dimensional Structure of L-2-Haloacid Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10 Complexed with the Substrate-Analogue Formate
著者: Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of L-2-Haloacid Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10
著者: Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1999年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (L-2-HALOACID DEHALOGENASE)
B: PROTEIN (L-2-HALOACID DEHALOGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1414
ポリマ－55,0492
非ポリマー922
水10,178565
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.050, 83.928, 91.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (L-2-HALOACID DEHALOGENASE)


分子量: 27524.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: SUBSTRATE ANALOGUE FORMATE PRESENT IN BOTH ACTIVE SITES
由来: (天然) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: GJ10 / 参照: UniProt: Q60099, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: used to seeding, Ridder, I.S., (1995) Protein Sci., 4, 2619.
PH range low: 7 / PH range high: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlprotein1drop
215 %PEG80001drop
3200 mMsodium formate1drop
4100 mMBis-Tris1drop
520 %PEG80001reservoir
6200 mMsodium formate1reservoir
7100 mMbis-Tris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9475
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9475 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→30 Å / Num. obs: 63057 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / % possible all: 81.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.52 Å / 最低解像度: 30 Å / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 306585 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AQ6

1aq6


解像度: 1.52→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 2391656.32 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: WEIGTH ON OMEGA DIHEDRAL ANGLE SET TO 20% OF VALUE IN CNS FORCE FIELD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 3201 5.1 %EXTENSION OF 1AQ6 FREE SET
Rwork0.204 ---
obs0.204 62986 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.22 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20 Å20 Å2
2--2.49 Å20 Å2
3----3.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 0 577 4507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.942.5
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 477 5.2 %
obs--81.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_1999.PARAMPROTEIN_1999.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARA
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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