[日本語] English
万見
- PDB-1qpy: CRYSTAL STRUCTURE OF BACKBONE MODIFIED PNA HEXAMER -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qpy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACKBONE MODIFIED PNA HEXAMER
要素PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID / DOUBLE STRANDED HELIX / P-FORM / RIGHT AND LEFT HANDED HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Haima, G. / Rasmussen, H. / Schmidt, G. / Jensen, D.K. / Kastrup, J.S. / Stafshede, P.W. / Norden, B. / Buchardt, O. / Nielsen, P.E.
引用
ジャーナル: New J.Chem. / 年: 1999
タイトル: Peptide Nucleic Acids (PNA) derived from N-(N-methylaminoethyl)glycine. Synthesis, hybridization and structural properties
著者: Haima, G. / Rasmussen, H. / Schmidt, G. / Jensen, D.K. / Kastrup, J.S. / Stafshede, P.W. / Norden, B. / Buchardt, O. / Nielsen, P.E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a peptide nucleic acid (PNA) duplex at 1.7 A resolution.
著者: Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Nielsen, J.N. / Nielsen, J.M. / Nielsen, P.E.
履歴
登録1999年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.02001年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
B: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
C: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
D: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
E: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
F: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
G: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
H: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0478
ポリマ－14,0478
非ポリマー00
水3,657203
1
A: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
B: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5122
ポリマ－3,5122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
D: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5122
ポリマ－3,5122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
F: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5122
ポリマ－3,5122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'
H: PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5122
ポリマ－3,5122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.950, 31.140, 50.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.85, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖
PEPTIDE NUCLEIC ACID 5'-(*CP1*GPN*TP1*APN*CP1*GPN*LYS)-3'


分子量: 1755.862 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: MGCL2, TRIS, HEXANEDIOL, ETHANOL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MGCL211
2TRIS11
3HEXANEDIOL11
4ETHANOL11
5MGCL212
6HEXANEDIOL12
7ETHANOL12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.4 M1reservoirMgCl2
25 %ethanol1reservoir
30.075 MTris-HCl1reservoir
43.0 Mhexane-1,6-diol1reservoir
51
61
71

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 6794 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 93
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) JORGENSEN NONBOND PARAMETERS JACS 103:3976- 3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1
詳細: SEE PARAMETER AND TOPOLOGY DETAILS FROM PREVIOUSLY DEPOSITED PNA STRUCTURE (NDB ID UPNA56)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 504 10 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 4049 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 0 0 203 1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.688
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る