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- PDB-1qpi: CRYSTAL STRUCTURE OF TETRACYCLINE REPRESSOR/OPERATOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qpi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TETRACYCLINE REPRESSOR/OPERATOR COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
  • PROTEIN (TETRACYCLINE REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / REPRESSOR-OPERATOR COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DNA / DNA (> 10) / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Orth, P. / Schnappinger, D. / Hillen, W. / Saenger, W. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / : 2000
タイトル: Structural basis of gene regulation by the tetracycline inducible Tet repressor-operator system.
著者: Orth, P. / Schnappinger, D. / Hillen, W. / Saenger, W. / Hinrichs, W.
履歴
登録1999年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*A)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
A: PROTEIN (TETRACYCLINE REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0774
ポリマ-32,0083
非ポリマー691
73941
1
M: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*A)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
A: PROTEIN (TETRACYCLINE REPRESSOR)
ヘテロ分子

M: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*A)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
A: PROTEIN (TETRACYCLINE REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1548
ポリマ-64,0166
非ポリマー1382
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)38.040, 193.200, 91.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*A)-3') / TET OPERATOR DNA


分子量: 4577.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA SEQUENCE TAKEN FROM TET OPERATOR CLASS D
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3') / TET OPERATOR DNA


分子量: 4599.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TETRACYCLINE REPRESSOR) / REGULATORY PROTEIN TETR


分子量: 22831.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 DELTA H1 DELTA TRP / 参照: UniProt: P0ACT4
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112.5 %PEG40001reservoiror 12.5 % mPEG5000
2200-300 mMsalt1reservoir
3100-150 mMimidazole1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→34.5 Å / Num. obs: 12437 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / % possible all: 93.3
反射
*PLUS
最低解像度: 24.5 Å / Num. obs: 11520 / Num. measured all: 42624 / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→34.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: USED WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARE PROCEDURE. THE DNA BASE PAIRS 1, 8 AND 15 ARE NOT PALINDROMIC. IN REFINEMENT THE CENTRAL BASE M 8 WAS MODELED USING ADENINE AND THYMINE WITH 50 % ...詳細: USED WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARE PROCEDURE. THE DNA BASE PAIRS 1, 8 AND 15 ARE NOT PALINDROMIC. IN REFINEMENT THE CENTRAL BASE M 8 WAS MODELED USING ADENINE AND THYMINE WITH 50 % OCCUPANCY EACH, RESPECTIVELY. BASE M 1 WAS EITHER CYTOSINE OR THYMINE AND BASE M 15 WAS EITHER GUANINE OR ADENINE. DUE TO CLOSE CRYSTAL PACKING CONTACTS THESE TERMINAL BASES WERE FOUND DISORDERED AND WERE MODELED AS CYTOSINE (BASE M 1) AND ADENINE (BASE M 15), RESPECTIVELY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 1166 10 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 11520 94.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 324 5 41 1921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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