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万見
- PDB-1qpg: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE, MUTATION R65Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qpg
タイトル3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE, MUTATION R65Q
要素3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE (CARBOXYL ACCEPTOR) / KINASE / ACETYLATION / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding ...Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / MAGNESIUM-5'-ADENYLY-IMIDO-TRIPHOSPHATE / Phosphoglycerate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mcphillips, T.M. / Hsu, B.T. / Sherman, M.A. / Mas, M.T. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure of the R65Q mutant of yeast 3-phosphoglycerate kinase complexed with Mg-AMP-PNP and 3-phospho-D-glycerate.
著者: McPhillips, T.M. / Hsu, B.T. / Sherman, M.A. / Mas, M.T. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992
タイトル: Characterization of the Structure and Properties of the His 62-->Ala and Arg 38-->Ala Mutants of Yeast Phosphoglycerate Kinase: An Investigation of the Catalytic and Activatory Sites by ...タイトル: Characterization of the Structure and Properties of the His 62-->Ala and Arg 38-->Ala Mutants of Yeast Phosphoglycerate Kinase: An Investigation of the Catalytic and Activatory Sites by Site-Directed Mutagenesis and NMR
著者: Sherman, M.A. / Fairbrother, W.J. / Mas, M.T.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1991
タイトル: Site-Directed Mutations of Arginine 65 at the Periphery of the Active Site Cleft of Yeast 3-Phosphoglycerate Kinase Enhance the Catalytic Activity and Eliminate Anion-Dependent Activation
著者: Sherman, M.A. / Dean, S.A. / Mathiowetz, A.M. / Mas, M.T.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Probing the Role of Arginines and Histidines in the Catalytic Function and Activation of Yeast 3-Phosphoglycerate Kinase by Site-Directed Mutagenesis
著者: Sherman, M.A. / Szpikowska, B.K. / Dean, S.A. / Mathiowetz, A.M. / Mcqueen, N.L. / Mas, M.T.
履歴
登録1996年1月4日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52021年11月3日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3573
ポリマ－44,6411
非ポリマー7162
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.000, 70.100, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE / PGK


分子量: 44641.059 Da / 分子数: 1 / 変異: R65Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: YEP9T-PGK / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PGK-XSB44-35D / 参照: UniProt: P00560, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MAP / MAGNESIUM-5'-ADENYLY-IMIDO-TRIPHOSPHATE


分子量: 529.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16MgN6O12P3
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
118 mg/mlR65Q PGK1drop
210 mM5'-adenylylimidodiphosphate1drop
410 mMD-(-)-3-phosphoglycerate1drop
621 %PEG80001reservoir
720 mMmagnesium acetate1reservoir
80.02 %1reservoirNaN3
950 mMHEPES1reservoir
3tetralithium salt (AMP-PNP)1drop
5disodium salt (3-PG)1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年9月30日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→40.7 Å / Num. obs: 16281 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射
*PLUS
Num. measured all: 100828

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
TNT精密化
X-PLOR3.1モデル構築
XENGENデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.185 --
obs0.185 13387 78.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3146 0 43 82 3271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.781
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.67
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.262
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.67
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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