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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qpg | ||||||
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タイトル | 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE, MUTATION R65Q | ||||||
要素 | 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE (CARBOXYL ACCEPTOR) / KINASE / ACETYLATION / GLYCOLYSIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane ...Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Mcphillips, T.M. / Hsu, B.T. / Sherman, M.A. / Mas, M.T. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Structure of the R65Q mutant of yeast 3-phosphoglycerate kinase complexed with Mg-AMP-PNP and 3-phospho-D-glycerate. 著者: McPhillips, T.M. / Hsu, B.T. / Sherman, M.A. / Mas, M.T. / Rees, D.C. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992 タイトル: Characterization of the Structure and Properties of the His 62-->Ala and Arg 38-->Ala Mutants of Yeast Phosphoglycerate Kinase: An Investigation of the Catalytic and Activatory Sites by ...タイトル: Characterization of the Structure and Properties of the His 62-->Ala and Arg 38-->Ala Mutants of Yeast Phosphoglycerate Kinase: An Investigation of the Catalytic and Activatory Sites by Site-Directed Mutagenesis and NMR 著者: Sherman, M.A. / Fairbrother, W.J. / Mas, M.T. #2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1991 タイトル: Site-Directed Mutations of Arginine 65 at the Periphery of the Active Site Cleft of Yeast 3-Phosphoglycerate Kinase Enhance the Catalytic Activity and Eliminate Anion-Dependent Activation 著者: Sherman, M.A. / Dean, S.A. / Mathiowetz, A.M. / Mas, M.T. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Probing the Role of Arginines and Histidines in the Catalytic Function and Activation of Yeast 3-Phosphoglycerate Kinase by Site-Directed Mutagenesis 著者: Sherman, M.A. / Szpikowska, B.K. / Dean, S.A. / Mathiowetz, A.M. / Mcqueen, N.L. / Mas, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qpg.cif.gz | 94.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qpg.ent.gz | 70.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qpg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44641.059 Da / 分子数: 1 / 変異: R65Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: YEP9T-PGK / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PGK-XSB44-35D / 参照: UniProt: P00560, phosphoglycerate kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-3PG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年9月30日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→40.7 Å / Num. obs: 16281 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 100828 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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