PDB-1qp3: SOLUTION STRUCTURE OF PHOTOSYSTEM I ACCESSORY PROTEIN E FROM THE ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qp3

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF PHOTOSYSTEM I ACCESSORY PROTEIN E FROM THE CYANOBACTERIUM NOSTOC SP. STRAIN PCC 8009

要素

PROTEIN (PSAE PROTEIN)

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / MAINLY BETA / ROLL / PLECKSTRIN TOPOLOGY / SH3-LIKE

機能・相同性

機能・相同性情報

photosystem I reaction center / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Mayer, K.L. / Shen, G. / Bryant, D.A. / Lecomte, J.T.J. / Falzone, C.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The solution structure of photosystem I accessory protein E from the cyanobacterium Nostoc sp. strain PCC 8009.
著者: Mayer, K.L. / Shen, G. / Bryant, D.A. / Lecomte, J.T. / Falzone, C.J.

履歴

登録	1999年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qp3.cif.gz	439.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qp3.ent.gz	366.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qp3_validation.pdf.gz	340.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qp3_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	1qp3_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	1qp3_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qp2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qp2-d 1hom-d 6rx7-1 2yuv-d 1lsv-d 3iwf-3 1lsw-d 2k14-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (3) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (3) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: PROTEIN (PSAE PROTEIN)

7.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	PROTEIN (PSAE PROTEIN) 分子量: 7969.069 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH / 変異: WILD-TYPE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 8009 / プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WWP1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 15N-SEPARATED NOESY
1	3	1	3D 13C-SEPARATED NOESY
1	4	1	J-MODULATE HSQC

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

-
試料調製

詳細	内容: 1 MM PSAE
試料状態	イオン強度: NO BUFFER OR ADDED SALT / pH: 6.1 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX2 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX2 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.85	BRUNGER	構造決定
XwinNMR	2	BRUKER	collection
Felix	95	MSI	解析
X-PLOR	3.85	Brunger	精密化

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)