PDB-1qo5: Fructose 1,6-bisphosphate Aldolase from Human Liver Tissue

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qo5

タイトル

Fructose 1,6-bisphosphate Aldolase from Human Liver Tissue

要素

FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

キーワード

LYASE / ALDOLASE / TIM BARREL / GLYCOLYTIC ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

Hereditary fructose intolerance / fructose-1-phosphate aldolase activity / fructose catabolic process to hydroxyacetone phosphate and glyceraldehyde-3-phosphate / fructose binding / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / NADH oxidation / Fructose catabolism / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / Gluconeogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dalby, A.R. / Littlechild, J.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: The Structure of Human Liver Fructose-1,6-Bisphosphate Aldolase
著者: Dalby, A.R. / Tolan, D.R. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	1999年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2000年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qo5.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qo5.ent.gz	978.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qo5_validation.pdf.gz	571 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qo5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	1qo5_validation.xml.gz	211.7 KB	表示
CIF形式データ	1qo5_validation.cif.gz	287.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/1qo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/1qo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2aldS 1ald S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dfq-d 7ka3-d 6v20-d 3dfn-d 3dfs-d 5tlw-d 3dfo-d 5tlh-d 2quu-d 1fba-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

E: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

F: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

G: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

H: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

I: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

J: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

K: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

L: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

M: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

N: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

O: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

P: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

Q: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

R: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

ヘテロ分子

710 kDa, 18 ポリマー
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1

A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

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ヘテロ分子

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158 kDa, 4 ポリマー
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2

E: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

F: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

G: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

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3

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J: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

K: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

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4

M: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

N: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

O: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

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5

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Q: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	291.100, 489.840, 103.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.997097, 0.059797, -0.047146), (0.057579, 0.186908, -0.98068), (-0.049831, -0.98055, -0.189809)	31.89326, 23.68275, 30.54217
2	given	(0.207074, 0.58658, 0.782962), (0.581788, -0.717254, 0.383487), (0.786538, 0.376107, -0.48979)	-7.60802, -18.51731, 25.2832
3	given	(-0.216224, -0.640218, -0.737124), (-0.64009, -0.477142, 0.602172), (-0.737245, 0.602031, -0.306627)	37.0628, -5.22755, 44.04025
4	given	(0.175317, 0.645276, 0.743549), (-0.84229, 0.489329, -0.226057), (-0.509717, -0.586651, 0.629297)	33.99503, 134.25899, 31.97788
5	given	(-0.199484, -0.595778, -0.777971), (0.333719, 0.705164, -0.62559), (0.921325, -0.384419, 0.058153)	4.14202, 148.2343, 69.562
6	given	(-0.852615, -0.027945, 0.521788), (0.516147, -0.20078, 0.832626), (0.081498, 0.979231, 0.185612)	35.01218, 105.64614, 46.44726
7	given	(0.876264, -0.024725, -0.481192), (-0.020096, -0.999684, 0.014771), (-0.481412, -0.003274, -0.876483)	22.53846, 129.8726, 88.42326
8	given	(0.137334, -0.627082, 0.766738), (-0.978069, -0.208227, 0.004884), (0.156596, -0.750595, -0.641927)	154.68318, 172.33195, 100.24669
9	given	(-0.192802, 0.653234, -0.732185), (-0.342595, 0.654413, 0.674061), (0.919488, 0.380804, 0.097622)	140.6729, 124.31854, 104.74457
10	given	(-0.414463, -0.84237, -0.344409), (0.84242, -0.498297, 0.205003), (-0.344312, -0.205169, 0.916156)	175.63443, 161.88005, 78.30228
11	given	(0.48443, 0.817094, 0.312533), (0.470849, 0.057571, -0.880326), (-0.737312, 0.573612, -0.356839)	171.71582, 116.91897, 100.16738
12	given	(-0.881863, -0.015392, 0.471249), (-0.461399, -0.177673, -0.869211), (0.097109, -0.983961, 0.149581)	201.82765, 204.75586, 49.63222
13	given	(0.850343, 0.042395, -0.524513), (-0.230229, 0.926257, -0.298374), (0.473193, 0.374478, 0.797399)	165.70456, 169.89792, 48.68849
14	given	(-0.376586, -0.880613, -0.287556), (-0.158175, -0.244726, 0.956594), (-0.912779, 0.405723, -0.047131)	219.36765, 183.34608, 66.11924
15	given	(0.414615, 0.842096, 0.344896), (0.841324, -0.499163, 0.207378), (0.346798, 0.204186, -0.915439)	175.575, 161.9614, 78.27222
16	given	(0.146885, 0.630515, 0.762135), (-0.666436, -0.506283, 0.547288), (0.730951, -0.588302, 0.345832)	112.89944, 314.72992, 29.92561
17	given	(-0.204718, -0.626935, -0.751674), (-0.843052, 0.503132, -0.190039), (0.497348, 0.594796, -0.631539)	123.99388, 304.53653, 77.53224

詳細

THE BIOMOLECULE CONSISTS OF A HOMOTETRAMER AND 5 INDEPENDENTCOPIES ARE OBSERVED IN THE ASYMMETRIC UNIT WITH THE FIFTHTETRAMER REQUIRING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY.

#1: タンパク質	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B / LIVER-TYPE ALDOLASE 分子量: 39388.773 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P05062, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 79 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP WITH AMMONIUM SULFATE AS THE PRECIPITANT, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.8
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→35 Å / Num. obs: 339612 / % possible obs: 71 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.154 / R_sym value: 0.122 / Net I/σ(I): 3.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / R_sym value: 0.438 / % possible all: 55.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング
AMoRE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ALD

2ald

解像度: 2.5→29 Å / SU B: 9.96 / SU ML: 0.21655 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.40088 / ESU R Free: 0.30816 / 詳細: NCS RESTRAINTS USED THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	16667	5 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	-	316146	71 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48034	0	75	1169	49278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.022	0.01
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.063	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.082	0.03
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	6.147	4
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	7.652	7
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	12.234	9
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	13.14	9
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.0188	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.218	0.08
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.237	0.3
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.316	0.3
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd	0.216	0.3
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	5.8	6
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	22.3	10
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor	35.4	20
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor	0	10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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