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- PDB-1qnu: Shiga-Like Toxin I B Subunit Complexed with the Bridged-Starfish ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnu
タイトルShiga-Like Toxin I B Subunit Complexed with the Bridged-Starfish Inhibitor
要素Shiga toxin 1 variant B subunit
キーワードTOXIN / SUBNANOMOLAR INHIBITOR / MULTIVALENT PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated modulation of host virulence / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / : / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL-CARBAMIC ACID ETHYL ESTER / ETHYL-CARBAMIC ACID METHYL ESTER / Shiga toxin 1 variant B subunit / Shiga toxin I subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Pannu, N.S. / Hayakawa, K. / Read, R.J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Shiga-like toxins are neutralized by tailored multivalent carbohydrate ligands.
著者: Kitov, P.I. / Sadowska, J.M. / Mulvey, G. / Armstrong, G.D. / Ling, H. / Pannu, N.S. / Read, R.J. / Bundle, D.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure of the Shiga-Like Toxin I B-Pentamer Complexed with an Analogue of its Receptor Bg3
著者: Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
履歴
登録1999年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.page_last / _citation.title ..._citation.page_last / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shiga toxin 1 variant B subunit
B: Shiga toxin 1 variant B subunit
C: Shiga toxin 1 variant B subunit
D: Shiga toxin 1 variant B subunit
E: Shiga toxin 1 variant B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,04720
ポリマ－38,4935
非ポリマー3,55315
水1,44180
1
A: Shiga toxin 1 variant B subunit
B: Shiga toxin 1 variant B subunit
C: Shiga toxin 1 variant B subunit
D: Shiga toxin 1 variant B subunit
E: Shiga toxin 1 variant B subunit
ヘテロ分子

A: Shiga toxin 1 variant B subunit
B: Shiga toxin 1 variant B subunit
C: Shiga toxin 1 variant B subunit
D: Shiga toxin 1 variant B subunit
E: Shiga toxin 1 variant B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,09340
ポリマ－76,98610
非ポリマー7,10730
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area17830 Å2
ΔGint-84.1 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.470, 71.610, 56.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.382759, 0.89895, -0.213035), (-0.898579, 0.308693, -0.311871), (0.214594, 0.310801, 0.925933)-0.018, 0.085, -0.013
2given(-0.616651, 0.553131, -0.560167), (-0.551662, -0.811247, -0.193769), (-0.561614, 0.189535, 0.805398)0.06, 0.101, 0.063
3given(-0.612174, -0.555757, -0.562474), (0.557655, -0.807756, 0.19118), (-0.560592, -0.196631, 0.804408)0.078, 0.064, 0.114
4given(0.387512, -0.896514, -0.214701), (0.896586, 0.312356, 0.313953), (-0.2144, -0.314159, 0.924844)0.009, -0.068, 0.081
詳細BIOLOGICAL_UNIT: PENTAMER

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要素

#1: タンパク質
Shiga toxin 1 variant B subunit / VEROTOXIN I B SUBUNIT


分子量: 7698.634 Da / 分子数: 5 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COMPLEXED WITH BRIDGE-STARFISH MOLECULE, A SUBNANOMOLAR TAILORED MULTIVALENT INHIBITOR
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: stx1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WZI6, UniProt: V5URS0*PLUS
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EMB / METHYL-CARBAMIC ACID ETHYL ESTER / メチルカルバミド酸エチル


分子量: 103.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#4: 化合物
ChemComp-MEC / ETHYL-CARBAMIC ACID METHYL ESTER / N-エチルカルバミド酸メチル


分子量: 103.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: COMPLEX PREPARED BY ADDING 15 MICROLITRES OF BRIDGE-STARFIS (0.35MM) SLOWLY TO 15 MICROLITRES OF SLT-I B-SUBUNIT (10 MG WHILE AGITATING. HANGING DROPS WERE PREPARED BY MIXING THI SOLUTION ...詳細: COMPLEX PREPARED BY ADDING 15 MICROLITRES OF BRIDGE-STARFIS (0.35MM) SLOWLY TO 15 MICROLITRES OF SLT-I B-SUBUNIT (10 MG WHILE AGITATING. HANGING DROPS WERE PREPARED BY MIXING THI SOLUTION WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (28% SA NH4SO4, 2% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 0.1M NACL, 0.1 M HEPES, pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.1 M1dropNaCl
310 mMTris-HCl1drop
428 %satammonium sulfate1reservoir
52 %MPD1reservoir
60.1 M1reservoirNaCl
70.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU/MSC RU- / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 19159 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.23→2.35 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.161
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.34 Å / % possible obs: 94.9 % / Rmerge(I) obs: 0.339

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BOS

1bos


解像度: 2.23→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1625101.21 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1064 5.6 %SHELLS
Rwork0.171 ---
obs0.171 19150 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.4401 Å2 / ksol: 0.411496 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20 Å22.85 Å2
2--5 Å20 Å2
3----6.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 240 80 3020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.182.5
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 4.81 Å2 / Rms dev position: 0.25 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 5
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 141 4.5 %
Rwork0.202 2968 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2STARFISH.PARSTARFISH.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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