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- PDB-1qnr: The 3-D structure of a Trichoderma reesei b-mannanase from glycos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnr
タイトルThe 3-D structure of a Trichoderma reesei b-mannanase from glycoside hydrolase family 5
要素ENDO-1,4-B-D-MANNANASE
キーワードHYDROLASE / MANNANASE / TRICHODERMA REESEI / ANOMALOUS SCATTERING
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan catabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / disaccharide binding / cellulose binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases ...Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-mannobiose / Mannan endo-1,4-beta-mannosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHODERMA REESEI (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sabini, E. / Schubert, H. / Murshudov, G. / Wilson, K.S. / Siika-Aho, M. / Penttila, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Trichoderma Reesei Beta-Mannanase from Glycoside Hydrolase Family 5.
著者: Sabini, E. / Schubert, H. / Murshudov, G. / Wilson, K.S. / Siika-Aho, M. / Penttila, M.
履歴
登録1999年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-B-D-MANNANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2559
ポリマ－37,7471
非ポリマー1,5078
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.748, 54.922, 61.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ENDO-1,4-B-D-MANNANASE


分子量: 37747.137 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 28-371 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TRICHODERMA REESEI (菌類) / 株: ALKO4330 / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED / 遺伝子 (発現宿主): CBH1 PROMOTER / 発現宿主: TRICHODERMA REESEI (菌類) / 株 (発現宿主): ALKO4330 / 参照: UniProt: Q99036, mannan endo-1,4-beta-mannosidase

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose / 4beta-beta-mannobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 497分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M GLYCINE PH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
122 mg/mlenzyme1drop
210 mMTris-HCl1drop
32 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 50979 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 11.65 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 50.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.4→19.8 Å / SU B: 0.98717 / SU ML: 0.03887 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06771 / ESU R Free: 0.0623
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 -5 %RANDOM
Rwork0.124 ---
obs-56363 91.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.685 Å20 Å20.039 Å2
2--0.742 Å20 Å2
3---0.933 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2668 0 96 494 3258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0230.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0380.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.3032
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.9033
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.7512
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.4673
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0294
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1550.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1620.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2620.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor36.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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