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- PDB-1qnd: STEROL CARRIER PROTEIN-2, NMR, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnd
タイトルSTEROL CARRIER PROTEIN-2, NMR, 20 STRUCTURES
要素NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN
キーワードTRANSFER PROTEIN / STEROL CARRIER PROTEIN 2 / PROTEIN STRUCTURE / PROTEIN DYNAMICS / NITROXIDE SPIN LABELS / LIPID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular cholesterol transport / positive regulation of steroid metabolic process / lipid hydroperoxide transport / propanoyl-CoA C-acyltransferase activity / propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity / acetyl-CoA C-myristoyltransferase / progesterone biosynthetic process / acetyl-CoA C-myristoyltransferase activity / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins ...positive regulation of intracellular cholesterol transport / positive regulation of steroid metabolic process / lipid hydroperoxide transport / propanoyl-CoA C-acyltransferase activity / propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity / acetyl-CoA C-myristoyltransferase / progesterone biosynthetic process / acetyl-CoA C-myristoyltransferase activity / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / phosphatidylcholine transfer activity / propanoyl-CoA C-acyltransferase / long-chain fatty acyl-CoA binding / inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol transfer activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / alpha-linolenic acid metabolic process / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / fatty-acyl-CoA binding / oleic acid binding / bile acid biosynthetic process / phospholipid transport / steroid biosynthetic process / cholesterol transfer activity / bile acid metabolic process / cholesterol binding / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / protein localization to plasma membrane / Peroxisomal protein import / peroxisome / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal ...SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol carrier protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lopez-Garcia, F. / Szyperski, T. / Dyer, J.H. / Choinowski, T. / Seedorf, U. / Hauser, H. / Wuthrich, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: NMR Structure of the Sterol Carrier Protein-2: Implications for the Biological Role
著者: Lopez-Garcia, F. / Szyperski, T. / Dyer, J.H. / Choinowski, T. / Seedorf, U. / Hauser, H. / Wuthrich, K.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: NMR Determination of the Secondary Structure and Three-Dimensional Polypeptide Backbone Fold of the Human Sterol Carrier Protein 2
著者: Szyperski, T. / Scheek, S. / Johansson, J. / Assmann, G. / Seedorf, U. / Wuthrich, K.
履歴
登録1999年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2601
ポリマ－13,2601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN / SCP-2 / NSL-TP / STEROL CARRIER PROTEIN 2


分子量: 13260.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC / 器官: LIVER / プラスミド: PGEX-2T/HSCP2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: P22307
構成要素の詳細DEPOSITED COORDINATES ARE THOSE OF CONFORMERS 1 - 20 IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. NO ...DEPOSITED COORDINATES ARE THOSE OF CONFORMERS 1 - 20 IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. NO VIOLATIONS OF DISTANCE CONSTRAINTS FROM NOES EXCEED 0.11 ANGSTROMS, AND NO VIOLATIONS OF ANGLE CONSTRAINTS EXCEED 4.5 DEGREES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: SEE PAPER
NMR実験の詳細Text: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE IN AQUEOUS SOLUTION REPRESENTED BY 20 CONFORMERS DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, TORSION ANGLE DYNAMICS AND RESTRAINED ENERGY REFINEMENT. DATA WERE ...Text: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE IN AQUEOUS SOLUTION REPRESENTED BY 20 CONFORMERS DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, TORSION ANGLE DYNAMICS AND RESTRAINED ENERGY REFINEMENT. DATA WERE COLLECTED AT 28 DEGREES CELSIUS AND AT PH 6.0. THEY CONSIST OF 1005 UPPER LIMITS ON DISTANCES OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND 584 ANGLE CONSTRAINTS OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS. THESE INPUT DATA ARE ALSO AVAILABLE FROM THE PROTEIN DATA BANK. SEE JNRK ARTICLE FOR DETAILS

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試料調製

詳細内容: WATER
試料状態イオン強度: SEE PAPER / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 301 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
OPAL2.6LUGINBUHL, GUNTERT, BILLETER, WUTHRICH STRUCTURAL STATISTICS: ATOMIC RMS DIFFERENCES BACKBONE(N, CA, C', RESIDUES 8-116) 1.00 A BACKBONE(N, CA, C', RESIDUES 8-84) 0.47 A BACKBONE(N, CA, C', RESIDUES 85-116) 1.41 A精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL ARTICLE. TORSION ANGLE DYNAMICS CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH THE PROGRAM DYANA (P.GUNTERT, C.MUMENTHALER, K.WUTHRICH, J.MOL.BIOL. (1997) VOL. ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL ARTICLE. TORSION ANGLE DYNAMICS CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH THE PROGRAM DYANA (P.GUNTERT, C.MUMENTHALER, K.WUTHRICH, J.MOL.BIOL. (1997) VOL. 273, 283-298 FOR THE RESTRAINED ENERGY REFINEMENT. THE PROGRAM OPAL (P. LUGINBHUL, P. GUNTERT, M. BILLETER, K. WUTHRICH J. BIOMOL. NMR (1996), VOL.8, 136-146) WAS USED. THE AVERAGE OF THE RMSD VALUES IN A PAIRWISE COMPARISON OF THE 20 NMR CONFORMERS TO THE MEAN STRUCTURE AS DESCRIBED IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE IS 1.0 ANGSTROM FOR THE BACKBONE ATOMS OF RESIDUES 8- 116. THE AVERAGE OF THE RMSD VALUES IN A PAIRWISE COMPARISON TO THE MEAN STRUCTURE FOR RESIDUES 8-84, THUS INCLUDING THE BEST DEFINED FRAGMENT, IS 0.47 ANGSTROMS. THE AVERAGE OF THE RMSD VALUES IN A PAIRWISE COMPARISON TO THE MEAN STRUCTURE FOR RESIDUES 85-116, THUS INCLUDING THE WORSE DEFINED RESIDUES IS 1.41 ANGSTROMS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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