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- PDB-1qm7: X-ray structure of a three-fingered chimeric protein, stability o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qm7
タイトルX-ray structure of a three-fingered chimeric protein, stability of a structural scaffold
要素R-CHII
キーワードTOXIN / STABILITY OF A STRUCTURAL SCAFFOLD
機能・相同性CD59 / CD59 / Ribbon / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Le Du, M.H. / Ricciardi, A. / Khayati, M. / Menez, R. / Boulain, J.C. / Menez, A. / Ducancel, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Stability of a Structural Scaffold Upon Activity Transfer : X-Ray Structure of a Three Fingers Chimeric Protein.
著者: Le Du, M.H. / Ricciardi, A. / Khayati, M. / Menez, R. / Boulain, J.C. / Menez, A. / Ducancel, F.
履歴
登録1999年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02024年5月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-CHII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6951
ポリマ－6,6951
非ポリマー00
水90150
1
A: R-CHII

A: R-CHII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3902
ポリマ－13,3902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.480, 58.480, 62.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 R-CHII


分子量: 6694.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FULLY ENGINEERED PROTEIN CONTAINING 41% RESIDUES FROM FASCICULIN 2,25% FROM ALPHA-TOXIN, 34% CONSERVED BETWEEN THE TWO NATURAL TOXINS
由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 遺伝子: SYNTHETIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MOLECULE STUDIED HERE IS A SYNTHETIC CHIMERIC PROTEIN FULLY ENGINEERED PROTEIN CONTAINING 41% ...THE MOLECULE STUDIED HERE IS A SYNTHETIC CHIMERIC PROTEIN FULLY ENGINEERED PROTEIN CONTAINING 41% RESIDUES FROM FASCICULIN 2, 25% FROM ALPHA-TOXIN, 34% CONSERVED BETWEEN THE TWO NATURAL SNAKE VENOMS, MOLECULE: ACETYLCHOLINESTERASE TOXIN F-VII SYNONYM: FASCICULINS II ORGANISM_SCIENTIFIC: DENDROASPIS ANGUSTICEPS ORGANISM_COMMON: EASTERN GREEN MAMBA DBREF: SWS TXF7_DENAN P01403 IDENTITY (FASTA): 75.806% AND MOLECULE: SHORT NEUROTOXIN 1 SYNONYM: NEUROTOXIN ALPHA ORGANISM_SCIENTIFIC: NAJA PALLIDA (NIGRICOLLIS) ORGANISM_COMMON: RED SPITTING COBRA (BLACK-NECKED SPITTING COBRA) DBREF SWS NXS1_NAJPA P01426 IDENTITY (FASTA): 58.621% ALIGNMENTS: NXS1_NAJPA LECHNQQSSQPPTTKTCPGETNCYKKVWRDHRGTIIERGCGCP : :::::::::: : :::::: 1QM7 TMCYSHTTTSRAILTNCPGETNCYKKSRRHPPKMVLGRGCGCP ::::::::::::::::: :: :: :::::::::::::::::: TXF7_DENAN TMCYSHTTTSRAILTNCG-ENSCYRKSRRHPPKMVLGRGCGCP NXS1_NAJPA TVKPGIKLNCCTTDKCNNY :: :::::::::::::: 1QM7 TVAPGIKLNCCTT-DKCNY ::: ::::: TXF7_DENAN PGDDYLEVKCCTSPDKCNY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 72.2 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 7312 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.538 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.063 / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 41 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FASCICULIN 2

解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 340 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs-7312 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数458 0 0 50 508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.866
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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