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万見
- PDB-1qlw: The Atomic Resolution Structure of a Novel Bacterial Esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qlw
タイトルThe Atomic Resolution Structure of a Novel Bacterial Esterase
要素ESTERASEエステラーゼ
キーワードHYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE) / ESTERASE (エステラーゼ) / ANISOTROPIC REFINEMENT / ATOMIC RESOLUTION / ALPHA/BETA HYDROLASE
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / カルボキシルエステラーゼ
機能・相同性情報
生物種ALCALIGENES SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Bourne, P.C. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: The Atomic Resolution Structure of a Novel Bacterial Esterase
著者: Bourne, P.C. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of a Novel Bacterial Esterase
著者: Bourne, P.C. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
履歴
登録1999年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTERASE
B: ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6625
ポリマ－71,3742
非ポリマー2883
水12,881715
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-30.2 kcal/mol
Surface area26750 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.730, 55.600, 110.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99234, -0.02182, 0.12158), (-0.01218, -0.9622, -0.27207), (0.12292, -0.27147, 0.95457)
ベクター: 51.80933, 5.28295, -2.50379)
詳細BIOLOGICAL_UNIT: DIMERIC

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要素

#1: タンパク質 ESTERASE / エステラーゼ


分子量: 35686.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD / 由来: (組換発現) ALCALIGENES SP. (バクテリア) / 発現宿主: AGROBACTERIUM SP. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7SIA5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化pH: 7 / 詳細: PH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Bourne, P.C., (1999) Acta Crystallogr.,Sect.D, 55, 915.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
41.5-1.6 Mammonium sulfate1reservoir
3ammonium sulfate1dropsaturated

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8373
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: HAMBURG / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→28 Å / Num. obs: 274290 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.09→1.12 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.09→30 Å / SU B: 0.296 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025
詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.158 1356 0.5 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs-272934 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.72 Å20 Å2-0.02 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3----3.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 15 715 5588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.23
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0240.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1140.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1640.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.110.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor12.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor38.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1429 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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