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万見
- PDB-1qld: Solution structure of type X CBM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qld
タイトルSolution structure of type X CBM
要素XYLANASE
キーワードXYLANASE / BETA STRANDS / ANTI PARALLEL BETA SHEETS / XYLAN DEGRADATION / HYDROLASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Xylanase; Chain A / CBM10 / Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. ...Xylanase; Chain A / CBM10 / Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Raghothama, S. / Simpson, P.J. / Gilbert, H.J. / Williamson, M.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Solution Structure of Cbm10 Cellulose Binding Module from Pseudomonas Xylanase A
著者: Raghothama, S. / Simpson, P.J. / Szabo, L. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Williamson, M.P.
履歴
登録1999年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4001
ポリマ－5,4001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50AN AVERAGE STRUCTURE OF 21 LOWEST ENERGY STRUCTURES WAS CALCULATED, WHICH WAS FURTHER SUBJECTED TO RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION.
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド XYLANASE / ENDO-1 / 4-BETA-XYLANASE A / XYLANASE A / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE A


分子量: 5400.007 Da / 分子数: 1 / 断片: CELLULOSE BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 解説: PSEUDOMONAS FLUORESCENS CELLULOSA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P14768, endo-1,4-beta-xylanase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
131DQF-COSY
141E.COSY
NMR実験の詳細Text: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES. FOR THE ATOM RECORDS THE VALUE GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR COLUMN IS THE RMSD PER ATOM TO THE MEAN POSITION.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER / 10% D2O
試料状態イオン強度: 100 MM NACL / pH: 4.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 323 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
FELIX構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: AN AVERAGE STRUCTURE OF 21 LOWEST ENERGY STRUCTURES WAS CALCULATED, WHICH WAS FURTHER SUBJECTED TO RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION.
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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