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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ql2 | ||||||
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タイトル | Inovirus (Filamentous Bacteriophage) Strain PF1 Major Coat Protein Assembly | ||||||
要素 | PF1 BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN B | ||||||
キーワード | VIRUS / VIRUS COAT PROTEIN / HELICAL VIRUS COAT PROTEIN / SSDNA VIRUSES / INOVIRUS / HELICAL VIRUS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS PHAGE PF1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 繊維回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Marvin, D.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: The Molecular Structure and Structural Transition of the Alpha-Helical Capsid in Filamentous Bacteriophage Pf1 著者: Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Marvin, D.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Pf1 Filamentous Bacteriophage: Refinement of a Molecular Model by Simulated Annealing Using 3.3 Angstroms Resolution X-Ray Fibre Diffraction Data 著者: Gonzalez, A. / Nave, C. / Marvin, D.A. #2: ジャーナル: Phase Transitions / 年: 1992 タイトル: Two Forms of Pf1 Inovirus: X-Ray Diffraction Studies on a Structural Phase Transition and a Calculated Libration Normal Mode of the Asymmetric Unit 著者: Marvin, D.A. / Nave, C. / Bansal, M. / Hale, R.D. / Salje, E.K.H. #3: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1990 タイトル: Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme 著者: Marvin, D.A. #4: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1989 タイトル: Dynamics of Telescoping Inovirus: A Mechanism for Assembly at Membrane Adhesions 著者: Marvin, D.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 285 | THE ANALOGUE OF THE CRYSTALLOGRAPHIC SPACE GROUP FOR HELICAL STRUCTURES IS THE LINE GROUP (A.KLUG, ... THE ANALOGUE OF THE CRYSTALLOGRAPHIC SPACE GROUP FOR HELICAL STRUCTURES IS THE LINE GROUP (A.KLUG, F.H.C.CRICK, H.W.WYCKOFF, ACTA CRYSTALLOG. V.11, 199, 1958). THE LINE GROUP OF PF1 IS S. THE UNIT CELL DIMENSIONS ARE THE HELIX PARAMETERS (UNIT TWIST TAU, UNIT HEIGHT P). FOR THE PERTURBED MODEL OF PF1, TAU = 200. DEGREES, P = 8.70 ANGSTROMS. THE INDEXING OF UNITS ALONG THE BASIC HELIX IS ILLUSTRATED IN REFERENCE 4. TO GENERATE COORDINATES X(K), Y(K), Z(K) OF UNIT K FROM THE GIVEN COORDINATES X(0), Y(0), Z(0) OF UNIT 0 IN A UNIT CELL WITH HELIX PARAMETERS (TAU, P) = (66.667, 2.90), APPLY THE MATRIX AND VECTOR: | COS(TAU*K) -SIN(TAU*K) 0 | | 0 | | SIN(TAU*K) COS(TAU*K) 0 | + | 0 | | 0 0 1 | | P*K | THE NEIGHBORS IN CONTACT WITH UNIT 0 ARE UNITS K = +/-1, +/-5, +/-6, +/-11 AND +/-17. THESE SYMMETRY-RELATED COPIES ARE USED TO DETERMINE INTERCHAIN NON-BONDED CONTACTS DURING THE REFINEMENT. [ THE LOWER-TEMPERATURE FORM OF PF1 HAS HELIX PARAMETERS, TAU = 65.915 DEGREES, P = 3.05 ANGSTROMS. ] |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ql2.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ql2.ent.gz | 22.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ql2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ql2_validation.pdf.gz | 339.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ql2_full_validation.pdf.gz | 341.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ql2_validation.xml.gz | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ql2_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1ql2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1ql2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 13||||||||
2 |
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3 |
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単位格子 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 13 / Rise per n subunits: 9.15 Å / Rotation per n subunits: 197.745 °) |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4612.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY IN THE HIGHER-TEMPERATURE SYMMETRY 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PF1 (ウイルス) / 解説: GROWN IN PSEUDOMONAS AERUGINOSA / 発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: P03621 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 繊維回折 |
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-試料調製
結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8.1 / 手法: microdialysis / 詳細: Nave, C., (1981) J.Mol.Biol., 149, 675. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 816 / % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2IFN 解像度: 3.1→50 Å / σ(F): 0 詳細: THE MODEL WAS DERIVED FROM PDB ENTRY 2IFN, REFERENCE 1. THIS MODEL WAS REFINED AGAINST NEW FIBER DIFFRACTION DATA. THE TEMPERATURE FACTORS OF ENTRY 4IFM WERE USED WITHOUT FURTHER REFINEMENT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: FXPLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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