+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qks | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE, OXIDISED FORM | ||||||
要素 | CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ENZYME / NITRITE REDUCTASE / DENITRIFICATION / ELECTRON TRANSPORT / PERIPLASMIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.28 Å | ||||||
データ登録者 | Fulop, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995 タイトル: The anatomy of a bifunctional enzyme: structural basis for reduction of oxygen to water and synthesis of nitric oxide by cytochrome cd1. 著者: Fulop, V. / Moir, J.W. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Cytochrome Cd1 Structure: Unusual Haem Environments in a Nitrite Reductase and Analysis of Factors Contributing to Beta-Propeller Folds 著者: Baker, S.C. / Saunders, N.F.W. / Willis, A.C. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J. / Fulop, V. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qks.cif.gz | 259 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qks.ent.gz | 216.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qks_validation.pdf.gz | 727.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1qks_full_validation.pdf.gz | 741.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qks_validation.xml.gz | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qks_validation.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qks | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.71269, 0.52853, 0.46124), ベクター: 詳細 | MOLECULE IS A HOMO-DIMERIC-COMPLEX. | |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 62605.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 参照: UniProt: P72181 |
---|
-非ポリマー , 5種, 1528分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0, AND CRYOPROTECTANT 15% GLYCEROL | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.88 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.88 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→20 Å / Num. obs: 278611 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.33 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.098 / % possible all: 80.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.28→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.28→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.28→1.3 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.21 |