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- PDB-1qkm: HUMAN OESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qkm
タイトルHUMAN OESTROGEN RECEPTOR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH PARTIAL AGONIST GENISTEIN
要素ESTROGEN RECEPTOR BETA
キーワードNUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / PHYTO-OESTROGEN / PARTIAL AGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GENISTEIN / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Carlquist, M.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Structure of the Ligand-Binding Domain of Oestrogen Receptor Beta in the Presence of a Partial Agonist and a Full Antagonist
著者: Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Thorsell, A.-G. / Engstrom, O. / Ljunggren, J. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Molecular Basis of Agonism and Antagonism in the Oestrogen Receptor
著者: Brzozowski, A.M. / Pike, A.C.W. / Dauter, Z. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Engstrom, O. / Ohman, L. / Greene, G.L. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M.
履歴
登録1999年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9962
ポリマ－28,7261
非ポリマー2701
水2,504139
1
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子

A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9934
ポリマ－57,4522
非ポリマー5402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
Buried area3760 Å2
ΔGint-30.4 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.120, 63.120, 250.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細BIOLOGICAL_UNIT: DIMER

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR BETA / OESTROGEN RECEPTOR / ER-LBD


分子量: 28726.092 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH THE PHYTO-OESTROGEN GENISTEIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: OESTROGEN RECEPTOR BETA / プラスミド: PLEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GI724 / 参照: UniProt: Q92731
#2: 化合物 ChemComp-GEN / GENISTEIN / 5,7-DIHYDROXY-3-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 4',5,7-TRIHYDROXYISOFLAVONE / PRUNETOL / GENISTEOL / ゲニステイン[フラボノイド]


分子量: 270.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 8.1
詳細: 6-9% (W/V) PEG 6000, 1.6-2.1M NACL, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.1
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
26-9 %(w/v)PEG60001reservoir
31.6-2.1 M1reservoirNaCl
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→60 Å / Num. obs: 28523 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 358818 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.433

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ERE

1ere


解像度: 1.8→55 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12715 / ESU R Free: 0.12556
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED IN XPLOR V3.843 WAS USED THROUGHOUT. DISCREPANCY BETWEEN REFINEMENT STATISTICS GIVEN ABOVE AND PUBLISHED VALUES ARISE DUE TO A SEQUENCE ERROR THAT HAS ...詳細: BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED IN XPLOR V3.843 WAS USED THROUGHOUT. DISCREPANCY BETWEEN REFINEMENT STATISTICS GIVEN ABOVE AND PUBLISHED VALUES ARISE DUE TO A SEQUENCE ERROR THAT HAS SUBSEQUENTLY BEEN CORRECTED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1441 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs-28460 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.115 Å2-1.138 Å20 Å2
2--3.116 Å20 Å2
3----3.827 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1781 0 20 139 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8512
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8473
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.3592
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.7453
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1370.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1810.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3610.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1160.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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