[日本語] English
万見
- PDB-1qkk: Crystal structure of the receiver domain and linker region of Dct... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qkk
タイトルCrystal structure of the receiver domain and linker region of DctD from Sinorhizobium meliloti
要素C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN / RECEIVER DOMAIN / 2-COMPONENT SIGNAL TRANSDUCTION / SIGMA-54 DEPENDENT TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR / BACTERIAL ENHANCER BINDING PROTEIN / HIGH SOLVENT CONTENT CRYSTAL
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein DctD
類似検索 - 構成要素
生物種SINORHIZOBIUM MELILOTI (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Meyer, M.G. / Park, S. / Zeringue, L. / Staley, M. / Mckinstry, M. / Kaufman, R.I. / Zhang, H. / Yan, D. / Yennawar, N. / Farber, G.K. / Nixon, B.T.
引用
ジャーナル: Faseb J. / 年: 2001
タイトル: A dimeric two-component receiver domain inhibits the sigma54-dependent ATPase in DctD.
著者: Meyer, M.G. / Park, S. / Zeringue, L. / Staley, M. / McKinstry, M. / Kaufman, R.I. / Zhang, H. / Yan, D. / Yennawar, N. / Yennawar, H. / Farber, G.K. / Nixon, B.T.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Crystallographic R Factor Refinement by Molecular Dynamics
著者: Brunger, A.T. / Kuriyan, J. / Karplus, M.
履歴
登録1999年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8211
ポリマ－16,8211
非ポリマー00
水3,675204
1
A: C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN

A: C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6432
ポリマ－33,6432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.651, 58.769, 167.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細THE MOLECULE EXISTS AS A DIMER IN SOLUTION . THE DIMER ISCOMPRISED OF MONOMERS FROM DIFFERENT UNIT CELLS.DIMERIZATION SURFACES OCCUR AT THE FACES OF THE UNIT CELL"BOX".

-
要素

#1: タンパク質 C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN / DCTD


分子量: 16821.260 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2 TO 143, RECEIVER DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH THE C-TERMINAL HIS-TAG, KLAAALEHHHHHH. COORDINATES ARE SUBMITTED ONLY FOR THE MONOMER, WHICH COMPRISES THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT.
由来: (組換発現) SINORHIZOBIUM MELILOTI (根粒菌) / 株: N.A. 1021 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): B834 PLYSS / 参照: UniProt: P13632
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A: RESIDUES 144 TO 156 ARE A HIS TAG
由来についての詳細THE PROTEIN IS FROM N.A. STRAIN=1021 REFERENCE: JIANG J., GU B., ALBRIGHT L.M., NIXON B.T., ...THE PROTEIN IS FROM N.A. STRAIN=1021 REFERENCE: JIANG J., GU B., ALBRIGHT L.M., NIXON B.T., CONSERVATION BETWEEN CODING AND REGULATORY ELEMENTS OF RHIZOBIUM MELILOTI AND RHIZOBIUM LEGUMINOSARUM DCT GENES, J. BACTERIOL. 171:5244-5253(1989). THE SWISSPROT ENTRY, P13632/DCTD_RHIME DESCRIBES THE SEQUENCE FROM N.A. STRAIN=JJ1C10 REFERENCE: WATSON R.J., ANALYSIS OF THE C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT GENES OF RHIZOBIUM MELILOTI: NUCLEOTIDE SEQUENCE AND DEDUCED PRODUCTS OF DCTA, DCTB, AND DCTD, MOL. PLANT MICROBE INTERACT. 3:174-181(1990). THE TWO VARIANTS DIFFER AT THE FOLLOWING RESIDUES N.A. 1021 (THIS WORK) N.A. JJ1C10 (P13632) SEQ: 43 GLY GLU SEQ: 68 ARG GLY SEQ: 70 ILE VAL THE N-TERMINAL MET RESIDUE IS CLEAVED IN VIVO.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
解説: DATA WERE COLLECTED AT BEAMLINE 17-ID (OR 17-BM) IN THE FACILITIES OF THEINDUSTRIAL MACROMOLECULAR CRYSTALLOGRAPHY ASSOCIATION COLLABORATIVE ACCESS TEAM (IMCA-CAT) AT THE ADVANCED PHOTON ...解説: DATA WERE COLLECTED AT BEAMLINE 17-ID (OR 17-BM) IN THE FACILITIES OF THEINDUSTRIAL MACROMOLECULAR CRYSTALLOGRAPHY ASSOCIATION COLLABORATIVE ACCESS TEAM (IMCA-CAT) AT THE ADVANCED PHOTON SOURCE.THESE FACILITIES ARE SUPPORTED BY THE COMPANIES OF THE INDUSTRIAL MACROMOLECULAR CRYSTALLOGRAPHY ASSOCIATION THROUGH A CONTRACT WITH ILLINOIS INSTITUTE OF TECHNOLOGY (IIT), EXECUTED THROUGH THE IIT'S CENTER FOR SYNCHROTRON RADIATION RESEARCH AND INSTRUMENTATION.
結晶化pH: 5.6
詳細: 50 MM NA SUCCINATE PH 5.6, 70 MM AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC, 1 MM DTT
結晶化
*PLUS
温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-7 mg/mlprotein1drop
250 mMsuccinate1reservoir
375 mM1reservoirNH4H2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.98333, 0.98100, 0.98076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月27日 / 詳細: NO FOCUSSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (111) MONOCHROMATOR
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.983331
20.9811
30.980761
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 61207 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 32439 / % possible obs: 86.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
HKL-2000(DENZO)データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1822253.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2778 9.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 27943 86.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.1063 Å2 / ksol: 0.415432 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.27 Å20 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3---2.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.01 Å0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1055 0 0 204 1259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 324 10 %
Rwork0.213 2908 -
obs--60.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る