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- PDB-1qiu: A triple beta-spiral in the adenovirus fibre shaft reveals a new ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qiu
タイトルA triple beta-spiral in the adenovirus fibre shaft reveals a new structural motif for biological fibres
要素ADENOVIRUS FIBRE
キーワードFIBRE PROTEIN / TRIPLE BETA-SPIRAL / ADENOVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Laminin / Ribbon / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN ADENOVIRUS 2 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者van Raaij, M.J. / Lavigne, G. / Mitraki, A. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: A triple beta-spiral in the adenovirus fibre shaft reveals a new structural motif for a fibrous protein.
著者: van Raaij, M.J. / Mitraki, A. / Lavigne, G. / Cusack, S.
履歴
登録1999年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年2月7日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_fragment

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOVIRUS FIBRE
B: ADENOVIRUS FIBRE
C: ADENOVIRUS FIBRE
D: ADENOVIRUS FIBRE
E: ADENOVIRUS FIBRE
F: ADENOVIRUS FIBRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,5266
ポリマ－171,5266
非ポリマー00
水10,431579
1
A: ADENOVIRUS FIBRE
B: ADENOVIRUS FIBRE
C: ADENOVIRUS FIBRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7633
ポリマ－85,7633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: ADENOVIRUS FIBRE
E: ADENOVIRUS FIBRE
F: ADENOVIRUS FIBRE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7633
ポリマ－85,7633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)165.510, 95.870, 211.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE MOLECULE CONSISTS IS A HOMO- TRIMER.CHAINS A, B AND C FORM ONE TRIMER CHAINS D, E AND F THE OTHER TRIMER

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要素

#1: タンパク質
ADENOVIRUS FIBRE


分子量: 28587.725 Da / 分子数: 6
断片: FRAGMENT CONTAINING THE FOUR DISTAL SHAFT REPEATS PLUS THE HEAD DOMAIN.
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN ADENOVIRUS 2 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: LOCUS AD2H2 / プラスミド: PT7.7 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P03275
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化pH: 4
詳細: 0.8 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM CITRATE, PH 4.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 mg/mlprotein1drop
20.8 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.948
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 103327 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 54.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.132
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59.9 % / Num. unique obs: 10696 / Rmerge(I) obs: 0.287

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS0.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QHV

1qhv


解像度: 2.4→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2480815.2 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1662 1.6 %SHELLS
Rwork0.232 ---
obs0.232 103325 84 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å20 Å25.19 Å2
2---3.52 Å20 Å2
3---5.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12042 0 0 579 12621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 208 2.2 %
Rwork0.312 9430 -
obs--54.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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