PDB-6iw6: Crystal structure of the Lin28-interacting module of human TUT4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iw6

タイトル

Crystal structure of the Lin28-interacting module of human TUT4

要素

Terminal uridylyltransferase 4,Terminal uridylyltransferase 4

キーワード

TRANSFERASE / TUT4

機能・相同性

機能・相同性情報

polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / transposable element silencing by mRNA destabilization / miRNA catabolic process / : / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.402 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Tomita, K.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science	LS135	日本
Japan Society for the Promotion of Science	18H03980	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	26113002	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the Lin28-interacting module of human terminal uridylyltransferase that regulates let-7 expression.
著者: Yamashita, S. / Nagaike, T. / Tomita, K.

履歴

登録	2018年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iw6.cif.gz	374.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iw6.ent.gz	305.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iw6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iw6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w0nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wdi-d 4h1l-1 4l4w-d 1t5o-1 4yrs-d 2150 2149 6xhi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Terminal uridylyltransferase 4,Terminal uridylyltransferase 4

B: Terminal uridylyltransferase 4,Terminal uridylyltransferase 4

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Terminal uridylyltransferase 4,Terminal uridylyltransferase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Terminal uridylyltransferase 4,Terminal uridylyltransferase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.270, 127.830, 168.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Terminal uridylyltransferase 4,Terminal uridylyltransferase 4 / TUTase 4 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 11 分子量: 51760.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUT4, KIAA0191, ZCCHC11 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TAX3, RNA uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Hepes-NaOH, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, 3% MPD, 200 mM Ammonium Citrate and 3% (w/v) 1,5-Diaminopentane dihydrochloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→19.963 Å / Num. obs: 48018 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.831 % / B_iso Wilson estimate: 49.78 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_rim(I) all: 0.194 / Χ²: 0.988 / Net I/σ(I): 18.11 / Num. measured all: 1288392 / Scaling rejects: 40

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	26.144	2.372	1.69	91032	3505	3482	0.762	2.419	99.3
2.46-2.53	27.176	1.997	2.11	92753	3413	3413	0.859	2.035	100
2.53-2.61	27.186	1.604	2.65	90802	3340	3340	0.881	1.635	100
2.61-2.69	27.225	1.258	3.46	88236	3241	3241	0.953	1.282	100
2.69-2.77	26.977	1.069	4.13	85004	3151	3151	0.955	1.089	100
2.77-2.87	27.15	0.867	5.16	82400	3035	3035	0.972	0.883	100
2.87-2.98	27.077	0.704	6.38	79770	2946	2946	0.98	0.717	100
2.98-3.1	26.818	0.556	8.02	75493	2815	2815	0.987	0.567	100
3.1-3.24	26.845	0.436	10.23	73287	2731	2730	0.992	0.444	100
3.24-3.4	26.968	0.319	13.66	69983	2595	2595	0.996	0.325	100
3.4-3.58	27.3	0.196	20.67	67595	2476	2476	0.998	0.2	100
3.58-3.8	27.529	0.147	26.14	65105	2365	2365	0.999	0.15	100
3.8-4.06	26.745	0.111	31.75	58999	2206	2206	0.999	0.113	100
4.06-4.39	26.553	0.08	41.01	54938	2069	2069	1	0.082	100
4.39-4.8	27.342	0.066	49	52333	1914	1914	1	0.067	100
4.8-5.37	27.284	0.067	48.51	47337	1735	1735	1	0.068	100
5.37-6.2	25.607	0.075	43.38	39460	1541	1541	1	0.076	100
6.2-7.6	26.127	0.06	52.24	34592	1324	1324	1	0.061	100
7.6-10.74	25.438	0.037	72.73	26455	1040	1040	1	0.038	100
10.74-19.963	21.363	0.033	75.89	12818	611	600	1	0.034	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12-2829_1309	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W0N

5w0n

解像度: 2.402→19.963 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	2392	5 %
R_work	0.21	45471	-
obs	0.2113	47863	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 252.82 Å² / B_iso mean: 69.8829 Å² / B_iso min: 25.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.402→19.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7134	0	62	89	7285
B_iso mean	-	-	76.25	50.51	-
残基数	-	-	-	-	876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7342
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	9908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.165	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.648	2808

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4022-2.4511	0.35	137	0.3699	2630	2767	99
2.4511-2.5043	0.3335	140	0.3182	2643	2783	100
2.5043-2.5625	0.3674	138	0.2989	2641	2779	100
2.5625-2.6264	0.3099	138	0.2827	2633	2771	100
2.6264-2.6973	0.3092	140	0.2603	2660	2800	100
2.6973-2.7764	0.2928	140	0.2615	2656	2796	100
2.7764-2.8658	0.3064	140	0.267	2654	2794	100
2.8658-2.9679	0.2615	140	0.2491	2650	2790	100
2.9679-3.0863	0.3174	140	0.2454	2662	2802	100
3.0863-3.2262	0.309	141	0.2514	2675	2816	100
3.2262-3.3956	0.289	140	0.2429	2661	2801	100
3.3956-3.6071	0.2235	140	0.2089	2668	2808	100
3.6071-3.8838	0.2286	142	0.2008	2705	2847	100
3.8838-4.2711	0.1988	142	0.1788	2691	2833	100
4.2711-4.8813	0.1802	142	0.1653	2691	2833	100
4.8813-6.1203	0.2236	144	0.1813	2731	2875	100
6.1203-19.964	0.1671	148	0.16	2820	2968	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.207	-1.7464	3.2622	4.0719	-3.7668	2.4981	-0.1077	0.0715	0.3283	-0.4468	0.0023	0.2783	0.1049	0.1098	0.1017	0.4536	0.0224	0.0657	0.4557	0.0615	0.5572	-25.2603	45.8129	-9.5841
2	0.9345	-0.03	0.0718	2.4134	-0.2636	1.683	-0.0089	-0.1745	-0.0929	0.2134	-0.0086	0.561	-0.0232	-0.1826	0.0467	0.3002	0.0464	0.0822	0.3849	-0.0277	0.5127	-14.8335	17.8087	18.14
3	3.9645	0.7909	0.761	3.2226	-0.2413	2.6686	0.127	-0.6817	-0.0598	0.9602	-0.2308	-0.3857	0.0453	0.2839	0.101	0.6232	0.0422	-0.0296	0.4336	0.0297	0.414	4.2348	15.6418	30.5551
4	1.9218	4.1096	-2.408	7.3457	-3.5991	0.8712	-0.4872	0.4948	-0.4911	0.0795	0.5136	-1.2177	-0.2241	-0.1327	-0.0232	0.6778	-0.0895	-0.0592	0.5776	-0.1616	0.7154	-21.1602	-45.9105	10.7417
5	0.9538	-0.2015	-0.002	2.4036	0.2757	2.4886	-0.0695	0.0807	0.117	-0.0683	-0.0024	0.5737	-0.0355	-0.2013	0.0744	0.2456	-0.0325	-0.0318	0.3377	0.0021	0.4459	-14.8118	-17.8075	-14.0438
6	3.8249	-0.5455	-1.1488	2.1882	0.6418	2.1523	0.0244	0.7473	0.123	-0.6966	-0.024	-0.0785	-0.0385	-0.0066	-0.003	0.515	-0.048	-0.0231	0.4643	0.0149	0.3616	4.1449	-15.7304	-26.5267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 255 through 348 )	A	255 - 348
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and (resid 349 through 369 )) or (chain 'A' and (resid 517 through 731 ))	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 370 through 516 )	A	370 - 516
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 255 through 348 )	B	255 - 348
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'B' and (resid 349 through 369 )) or (chain 'B' and (resid 517 through 731 ))	B	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 370 through 516 )	B	370 - 516

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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