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- PDB-1qhl: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF MUKB AT 2.2A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qhl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF MUKB AT 2.2A RESOLUTION
要素PROTEIN (CELL DIVISION PROTEIN MUKB)
キーワードCELL DIVISION PROTEIN / MUKB / SMC / CHROMOSOME PARTITIONING
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / nucleoid / sister chromatid cohesion / chromosome condensation / chromosome segregation / DNA replication / cell division / GTP binding / DNA binding / ATP binding ...condensin complex / nucleoid / sister chromatid cohesion / chromosome condensation / chromosome segregation / DNA replication / cell division / GTP binding / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of mukB / N-terminal domain of mukB - #10 / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / MukB N-terminal / MukB hinge domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...N-terminal domain of mukB / N-terminal domain of mukB - #10 / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / MukB N-terminal / MukB hinge domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome partition protein MukB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者van den Ent, F. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of MukB: a protein involved in chromosome partitioning.
著者: van den Ent, F. / Lockhart, A. / Kendrick-Jones, J. / Lowe, J.
履歴
登録1999年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CELL DIVISION PROTEIN MUKB)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2471
ポリマ－25,2471
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.400, 111.400, 65.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CELL DIVISION PROTEIN MUKB)


分子量: 25246.979 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS PROTEIN IS LINKED TO A SYNTHETIC C-TERMINAL HIS TAG (GSHHHHHH). THE TAG WAS NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOSOL / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P22523
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 4.9
詳細: 0.1M NA-CITRATE PH 4.9, 18-22% PEG 600, 50MG/ML, DROPS 1+1
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Msodium citrate1reservoir
218-22 %PEG6001reservoir
350 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.91, 0.9790, 0.9797, 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911
20.9791
30.97971
41.21
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 382097 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.8精密化
MOSFLMV. 6.0データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 563 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs-12023 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 0 75 1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.61
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.62.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it03
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it03
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it03.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.61
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.62.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it03
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it03
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it03.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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