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- PDB-1qgt: HUMAN HEPATITIS B VIRAL CAPSID (HBCAG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qgt
タイトルHUMAN HEPATITIS B VIRAL CAPSID (HBCAG)
要素PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
キーワードVIRUS / VIRAL CAPSID PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / viral envelope / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Leslie, A.G.W. / Wynne, S.A. / Crowther, R.A.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of the human hepatitis B virus capsid.
著者: Wynne, S.A. / Crowther, R.A. / Leslie, A.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization of Hepatitis B Virus Core Protein Shells: Determination of Cryoprotectant Conditions and Preliminary X-Ray Characterization
著者: Wynne, S.A. / Leslie, A.G.W. / Butler, P.J.G. / Crowther, R.A.
履歴
登録1999年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
A: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4654
ポリマ－67,4654
非ポリマー00
水00
1
C: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
A: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,047,908240
ポリマ－4,047,908240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
A: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 337 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,32620
ポリマ－337,32620
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
C: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
A: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 405 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,79124
ポリマ－404,79124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
C: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
D: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
B: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
A: PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN)
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.02 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,023,954120
ポリマ－2,023,954120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)538.400, 354.800, 370.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.4589297, -0.50775021, 0.72909071), (0.84616288, 0.50000004, -0.18441348), (-0.2709094, 0.70156232, 0.65910425)
3generate(-0.41654043, 0.02460579, 0.90878415), (0.8613701, -0.30901689, 0.40317504), (0.29075009, 0.9507382, 0.10752333)
4generate(-0.41654043, 0.8613701, 0.29075009), (0.02460579, -0.30901689, 0.9507382), (0.90878415, 0.40317504, 0.10752333)
5generate(0.4589297, 0.84616288, -0.2709094), (-0.50775021, 0.50000004, 0.70156232), (0.72909071, -0.18441348, 0.65910425)
6generate(0.48391682, 0.53235611, 0.69456568), (0.5323561, -0.80901691, 0.24917588), (0.69456568, 0.24917588, -0.67489991)
7generate(0.48437941, 0.50775032, 0.71243681), (-0.50775014, -0.5, 0.7015624), (0.71243693, -0.70156227, 0.01562059)
8generate(0.45892974, 0.50775025, 0.72909065), (-0.84616291, 0.49999996, 0.18441359), (-0.27090925, -0.70156234, 0.65910429)
9generate(0.4427384, 0.532356, 0.72151216), (-0.01520726, 0.80901701, -0.58758847), (-0.89652186, 0.24917576, 0.36627857)
10generate(0.45818126, 0.54756325, 0.70017456), (0.83676435, 1.0E-7, -0.54756317), (-0.29982554, 0.83676429, -0.45818136)
11generate(-0.99953748, -0.02460585, 0.01787121), (-0.02460585, 0.30901692, -0.95073818), (0.01787121, -0.95073818, -0.30947944)
12generate(-0.48437947, 0.5077502, -0.71243684), (0.5077502, -0.49999999, -0.70156236), (-0.71243684, -0.70156236, -0.01562054)
13generate(0.40034909, 6.0E-8, -0.91636271), (6.0E-8, -1, -4.0E-8), (-0.91636271, -4.0E-8, -0.40034909)
14generate(0.4319834, -0.84616285, -0.31208776), (-0.84616285, -0.50000009, 0.1844135), (-0.31208776, 0.1844135, -0.93198331)
15generate(-0.43319407, -0.86137014, 0.26530055), (-0.86137014, 0.30901686, -0.40317499), (0.26530055, -0.40317499, -0.87582278)
16generate(-0.44273847, 0.01520715, 0.89652183), (0.53235589, 0.80901706, 0.24917584), (-0.7215122, 0.58758841, -0.36627859)
17generate(-0.43319429, 0.86137006, 0.26530044), (0.86137006, 0.30901713, 0.40317494), (0.26530044, 0.40317494, -0.87582284)
18generate(0.45818126, 0.83676435, -0.29982554), (0.54756325, 1.0E-7, 0.83676429), (0.70017456, -0.54756317, -0.45818136)
19generate(0.99953748, -0.02460572, -0.01787121), (0.02460581, 0.30901699, 0.95073816), (-0.01787109, -0.95073816, 0.30947951)
20generate(0.44273847, -0.53235599, 0.72151212), (0.01520714, 0.80901697, 0.58758853), (-0.89652183, -0.2491759, 0.36627855)
21generate(0.45818144, -0.83676431, -0.29982537), (-0.54756314, -1.0E-7, -0.83676437), (0.70017453, 0.54756323, -0.45818134)
22generate(-0.41654032, -0.86137009, 0.29075027), (-0.02460574, -0.3090171, -0.95073813), (0.9087842, -0.40317489, 0.10752343)
23generate(-0.99878911, -0.01520721, 0.04678732), (-0.01520721, -0.80901704, -0.58758844), (0.04678732, -0.58758844, 0.80780615)
24generate(-0.48391689, 0.53235599, -0.69456572), (-0.532356, -0.80901699, -0.24917582), (-0.69456571, 0.24917584, 0.6748999)
25generate(0.41654043, 0.02460578, -0.90878415), (-0.86137006, -0.30901703, -0.40317501), (-0.29075021, 0.95073815, -0.1075234)
26generate(-0.4319833, -0.84616288, 0.31208782), (0.84616291, -0.5, -0.18441346), (0.31208774, 0.18441361, 0.9319833)
27generate(-0.99878911, 0.01520719, 0.04678725), (0.01520719, -0.80901695, 0.58758856), (0.04678725, 0.58758856, 0.80780606)
28generate(-0.45818133, 0.54756314, -0.7001746), (-0.83676435, 3.0E-8, 0.54756317), (0.29982543, 0.83676437, 0.4581813)
29generate(0.44273847, 0.01520714, -0.89652183), (-0.53235599, 0.80901697, -0.2491759), (0.72151212, 0.58758853, 0.36627855)
30generate(0.45892974, -0.84616291, -0.27090925), (0.50775025, 0.49999996, -0.70156234), (0.72909065, 0.18441359, 0.65910429)

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (HBV CAPSID PROTEIN) / HBCAG


分子量: 16866.283 Da / 分子数: 4 / 断片: ASSEMBLY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
属: Orthohepadnavirus / 株: ISOLATED AT ST MARY'S HOSPITAL, LONDON / 解説: THE CONSTRUCT WAS TRUNCATED AFTER RESIDUE 149 / プラスミド: PT7-SC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q67855
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 20

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 82 %
結晶化pH: 6.5
詳細: EQUAL VOLUMES OF PROTEIN (15MG/ML) IN 5MM TRIS-HCL, 150MM NACL PH7.5 AND 0.1M MES, PH 6.5, 0.1-0.4M (NH4)2SO4, 3.5-4% PEG20000 AND 20% BUTANEDIOL. HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1drop
3150 mM1dropNaCl
40.1 MMES1reservoir
50.1-0.4 Mammonium sulfate1reservoir
63.5-4 %PEG200001reservoir
720 %butanediol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99188
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→38.8 Å / Num. obs: 727106 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 78.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4SCALAデータ削減
CCP4モデル構築
SOLOMON位相決定
SIGMAAモデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
SIGMAA位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.3→8 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP B'S / σ(F): 0 / 詳細: STRICT ICOSAHEDRAL SYMMETRY IMPOSED /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.271 --
obs-649882 94.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4560 0 0 0 4560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.44 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rwork0.448 59490
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.271
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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