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- PDB-1qfu: INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qfu
タイトルINFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY
要素
  • (PROTEIN (HEMAGGLUTININ ...) x 2
  • (PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY ...) x 2
キーワードViral protein/Immune system / COMPLEX (HEMAGGLUTININ-IMMMUNOGLOBULIN) / HEMAGGLUTININ / IMMUNOGLOBULIN / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / B cell differentiation / viral budding from plasma membrane / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Ig gamma-1 chain C region, membrane-bound form / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fleury, D. / Gigant, B. / Bizebard, T. / Daniels, R.S. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: A complex of influenza hemagglutinin with a neutralizing antibody that binds outside the virus receptor binding site.
著者: Fleury, D. / Barrere, B. / Bizebard, T. / Daniels, R.S. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure of influenza virus haemagglutinin complexed with a neutralizing antibody.
著者: Bizebard, T. / Gigant, B. / Rigolet, P. / Rasmussen, B. / Diat, O. / Bosecke, P. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of complexes between an influenza hemagglutinin and Fab fragments of two different monoclonal antibodies.
著者: Gigant, B. / Fleury, D. / Bizebard, T. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the haemagglutinin membrane glycoprotein of influenza virus at 3 A resolution.
著者: Wilson, I.A. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
履歴
登録1999年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年3月8日Group: Derived calculations
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年11月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN))
B: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN))
L: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3599
ポリマ－104,6854
非ポリマー1,6755
水1,26170
1
A: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN))
B: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN))
L: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子

A: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN))
B: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN))
L: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子

A: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN))
B: PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN))
L: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,07827
ポリマ－314,05512
非ポリマー5,02415
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.000, 138.000, 135.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細THERE IS ONE MONOMER OF THE TRIMERIC HEMAGGLUTININ MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT, AND EACH MONOMER IS COMPLEXED WITH ONE FAB FRAGMENT. THE MONOMER OF HEMAGGLUTININ CONSISTS OF TWO CHAINS, IDENTIFIED AS HA1 AND HA2. CHAINS HA1 AND HA2 HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*, RESPECTIVELY. IN THE VIRUS, CHAIN HA1 CONSISTS OF 328 RESIDUES AND CHAIN. HA2 CONSISTS OF 220 RESIDUES. HEMAGGLUTININ MAY BE SOLUBILIZED FROM THE VIRAL MEMBRANE BY BROMELAIN DIGESTION, WHICH REMOVES THE C-TERMINAL HYDROPHOBIC (ANCHORING) DOMAIN. FROM CHAIN HA2. AFTER BROMELAIN DIGESTION CHAIN HA2 CONSISTS OF 175 RESIDUES, AS PRESENTED IN THIS ENTRY.

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要素

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PROTEIN (HEMAGGLUTININ ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN))


分子量: 36065.457 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMELAIN DIGESTED / 由来タイプ: 天然
詳細: A RECOMBINANT INFLUENZA STRAIN CONTAINING A/AICHI/68 (H3N2) HEMAGGLUTININ
由来: (天然) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: X31 / 参照: UniProt: P03437, UniProt: P03438*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN (HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN))


分子量: 20212.350 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMELAIN DIGESTED / 由来タイプ: 天然
詳細: A RECOMBINANT INFLUENZA STRAIN CONTAINING A/AICHI/68 (H3N2) HEMAGGLUTININ
由来: (天然) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: X31 / 参照: UniProt: P03437

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (LIGHT CHAIN))


分子量: 23980.707 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDROMAS / 株: BALB/C / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#4: 抗体 PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN IGG1-KAPPA ANTIBODY (HEAVY CHAIN))


分子量: 24426.404 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDROMAS / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01869*PLUS

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糖 , 3種, 5分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 70分子

#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.29 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Gigant, B., (1995) Proteins: Struct., Funct., Genet., 23, 115.
pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 %(w/v)PEG20001reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
3150 mM1reservoirNaCl
40.05 %(w/v)1reservoirNaN3
510-15 mg/mlprotain1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 276 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.93
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→7 Å / Num. obs: 36133 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Num. measured all: 159126
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.84精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→7 Å / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 -5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-36133 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7260 0 109 70 7439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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