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- PDB-1qfn: GLUTAREDOXIN-1-RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE B1 MIXED DISULFIDE BOND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qfn
タイトルGLUTAREDOXIN-1-RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE B1 MIXED DISULFIDE BOND
要素
  • PROTEIN (GLUTAREDOXIN 1)
  • PROTEIN (RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1)
キーワードELECTRON TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE / GLUTAREDOXIN / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / DISULFIDE / ELECTRON TRANSFER / ELECTRON TRANSPORT-OXIDOREDUCTASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine biosynthetic process via S-sulfo-L-cysteine / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / protein-disulfide reductase (glutathione) activity / glutathione disulfide oxidoreductase activity / ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / disulfide oxidoreductase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase ...cysteine biosynthetic process via S-sulfo-L-cysteine / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / protein-disulfide reductase (glutathione) activity / glutathione disulfide oxidoreductase activity / ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / disulfide oxidoreductase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein-disulfide reductase activity / protein folding chaperone / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / nucleotide binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin, GrxA / Glutaredoxin subgroup / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit ...Glutaredoxin, GrxA / Glutaredoxin subgroup / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha / Glutaredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / RESTRICTED TORSIONAL ANGLE DYNAMICS
データ登録者Berardi, M.J. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Binding specificity and mechanistic insight into glutaredoxin-catalyzed protein disulfide reduction.
著者: Berardi, M.J. / Bushweller, J.H.
履歴
登録1999年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLUTAREDOXIN 1)
B: PROTEIN (RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2012
ポリマ－12,2012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LEAST TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLUTAREDOXIN 1) / GRX 1


分子量: 9679.759 Da / 分子数: 1 / 変異: C14S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: INTERMOLECULAR DISULFIDE BRIDGE BETWEEN; CYS 11 A AND CYS 148 B
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68688
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1) / E.C.1.17.4.1 / Ribonucleotide reductase / B1 protein / R1 protein


分子量: 2521.603 Da / 分子数: 1 / Fragment: apha chain, B1 SUBUNIT / 変異: C754S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INTERMOLECULAR DISULFIDE BRIDGE CYS759 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00452, ribonucleoside-diphosphate reductase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
OPALV2.6P.LUGINBUHL,P.GUNTERT,M.BILLETER,K.WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
精密化手法: RESTRICTED TORSIONAL ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST TARGET FUNCTION / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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