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- PDB-1qfh: DIMERIZATION OF GELATION FACTOR FROM DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM: CR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qfh
タイトルDIMERIZATION OF GELATION FACTOR FROM DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM: CRYSTAL STRUCTURE OF ROD DOMAINS 5 AND 6
要素PROTEIN (GELATION FACTOR)
キーワードACTIN BINDING PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN / GELATION FACTOR / ABP-120
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / slug development involved in sorocarp development / pseudopodium assembly / positive phototaxis / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex ...regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / slug development involved in sorocarp development / pseudopodium assembly / positive phototaxis / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex / chemotaxis to cAMP / lateral cell cortex / phototaxis / macropinocytic cup / RHO GTPases activate PAKs / protein kinase B binding / actin crosslink formation / thermotaxis / hyperosmotic response / mitogen-activated protein kinase binding / lamellipodium assembly / cortical actin cytoskeleton / pseudopodium / cell leading edge / response to cAMP / phagocytosis / phagocytic cup / extracellular matrix / cell motility / small GTPase binding / actin filament binding / cell migration / actin cytoskeleton organization / cell cortex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mccoy, A.J. / Fucini, P. / Noegel, A.A. / Stewart, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural basis for dimerization of the Dictyostelium gelation factor (ABP120) rod.
著者: McCoy, A.J. / Fucini, P. / Noegel, A.A. / Stewart, M.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and preliminary X-Ray diffraction characterization of a dimerizing fragment of the rod domain of the Dictyostelium gelation factor (ABP-120).
著者: Fucini, P. / McCoy, A.J. / Gomez-Ortiz, M. / Schleicher, M. / Noegel, A.A. / Stewart, M.
履歴
登録1999年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GELATION FACTOR)
B: PROTEIN (GELATION FACTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7112
ポリマ－44,7112
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.448, 103.150, 124.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.64641, -0.680864, 0.344352), (-0.663308, -0.724509, -0.187375), (0.377063, -0.107291, -0.919952)12.968, 33.09, 2.675
2given(0.606333, -0.678262, 0.415115), (-0.700719, -0.702516, -0.124355), (0.375971, -0.215478, -0.90123)14.929, 33.123, 0.304

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GELATION FACTOR) / ACTIN BINDING PROTEIN 120 / Dictyostelium filamin / ddFLN


分子量: 22355.594 Da / 分子数: 2 / 断片: ROD DOMAINS 5 AMD 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13466
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: 30% PEG 1000, 0.1M TRIS_HCL PH 7.2, 25% GLYCEROL
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.6 mg/mlprotein11
220 mMpotassium phosphate12
3100 mM12NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.88
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→26.23 Å / Num. obs: 82513 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 29.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
Num. obs: 28551 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 82513
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / Num. unique obs: 4076 / Num. measured obs: 11993

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→26.63 Å / SU B: 5.42051 / SU ML: 0.14239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24148 / ESU R Free: 0.20983
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1442 5 %RANDOM
Rwork0.2216 ---
obs0.2192 28503 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 0 237 3337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0190.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.713
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4945
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.0354
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.3126
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1280.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd00.05
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd00.05
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.0610.05
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor1420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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