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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qda | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of epidoxorubicin-formaldehyde virtual crosslink of DNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5' -D(CP*キーワード | DNA / DOUBLE HELIX / DRUG-DNA COMPLEX | 機能・相同性 | 4'-EPIDOXORUBICIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Podell, E.R. / Harrington, D.J. / Taatjes, D.J. / Koch, T.H. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of epidoxorubicin-formaldehyde virtual crosslink of DNA and evidence for its formation in human breast-cancer cells. 著者: Podell, E.R. / Harrington, D.J. / Taatjes, D.J. / Koch, T.H. #1: ジャーナル: Curr.Pharm.Des. / 年: 1998 タイトル: A redox pathway leading to the alkylation of nucleic acids by doxorubicin and related anthracyclines: application to the design of antitumor drugs for resistant cancer. 著者: Taatjes, D.J. / Fenick, D.J. / Gaudiano, G. / Koch, T.H. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998 タイトル: Epidoxoform: A Hydrolytically More Stable Anthracycline-Formaldehyde Conjugate Toxic to Resistant Tumor Cells 著者: Taatjes, D.J. / Fenick, D.J. / Koch, T.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qda.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qda.ent.gz | 9.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qda.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qda_validation.pdf.gz | 743.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qda_full_validation.pdf.gz | 744.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qda_validation.xml.gz | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qda_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/1qda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/1qda | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1824.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: DOXORUBICIN COVALENTLY ATTACHED TO N2(G4) VIA METHYLENE BRIDGE |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM6 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MPD, FORMALDEHYDE, CACODYLATE, SPERMINE, BARIUM CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 3101 / Num. obs: 3101 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / % possible all: 82.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 47174 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.7 % / Num. unique obs: 2482 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY, A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN 詳細: USED ALL THE REFLECTIONS IN THE FINAL SERIES OF REFINEMENT CYCLES
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 17.3 % / Rfactor all: 0.2164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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