[日本語] English
万見
- PDB-1qd1: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE FORMIMINOTRANSFERASE DOMAIN OF FORMI... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qd1
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE FORMIMINOTRANSFERASE DOMAIN OF FORMIMINOTRANSFERASE-CYCLODEAMINASE.
要素FORMIMINOTRANSFERASE-CYCLODEAMINASE
キーワードTRANSFERASE / FUNCTIONAL DIMER / ALPHA-BETA-BETA-ALPHA SANDWICH / ELECTROSTATICALLY CHARGED SUBSTRATE TUNNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate formimidoyltransferase / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase / glutamate formimidoyltransferase activity / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase activity / L-histidine catabolic process / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / folic acid binding / centriole / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase-cyclodeaminase; Chain B, domain 1 / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain superfamily / Formiminotransferase, N-terminal subdomain superfamily / Formiminotransferase, C-terminal subdomain superfamily / : ...Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase-cyclodeaminase; Chain B, domain 1 / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain superfamily / Formiminotransferase, N-terminal subdomain superfamily / Formiminotransferase, C-terminal subdomain superfamily / : / Formiminotransferase domain / Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain / Formiminotransferase domain / Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain / Cyclodeaminase/cyclohydrolase / Formimidoyltransferase-cyclodeaminase-like superfamily / Formiminotransferase-cyclodeaminase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FON / Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kohls, D. / Sulea, T. / Purisima, E. / MacKenzie, R.E. / Vrielink, A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of the formiminotransferase domain of formiminotransferase-cyclodeaminase: implications for substrate channeling in a bifunctional enzyme.
著者: Kohls, D. / Sulea, T. / Purisima, E.O. / MacKenzie, R.E. / Vrielink, A.
履歴
登録1999年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FORMIMINOTRANSFERASE-CYCLODEAMINASE
B: FORMIMINOTRANSFERASE-CYCLODEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8896
ポリマ－71,7582
非ポリマー1,1314
水13,890771
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.31, 103.84, 122.77
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 FORMIMINOTRANSFERASE-CYCLODEAMINASE


分子量: 35878.910 Da / 分子数: 2 / 断片: FORMIMINOTRANSFERASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / プラスミド: pBke-Cm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53603, glutamate formimidoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-FON / N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid / [6R]-5-FORMYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / 6R-FOLINIC ACID / (6R)-5-ホルミルテトラヒドロ葉酸


分子量: 473.439 Da / 分子数: 2 / 断片: FOLINIC ACID / Mutation: PRODUCT ANALOGUE OF THE NATURAL SUBSTRATE / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: sodium citrate, glycerol, tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
21 Msodium citrate1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoir
415 %(v/v)glycerol1reservoir
52 mMfolinic acid1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2831
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンNSLS X8C21.072
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年2月9日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1998年8月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.0721
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 89972 / Num. obs: 436554 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.85 % / Biso Wilson estimate: 20.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Num. unique all: 8547 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
Num. obs: 89972 / Num. measured all: 436554
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: no NCS restraints imposed Parameter and topology files for the ligands, folinic acid and glycerol were obtained from the Heteroatom compound database (Upsala, Sweden). The stereochemistry for ...詳細: no NCS restraints imposed Parameter and topology files for the ligands, folinic acid and glycerol were obtained from the Heteroatom compound database (Upsala, Sweden). The stereochemistry for folinic acid was manually altered from 6S to 6R.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 8996 -
Rwork0.191 --
all-89891 -
obs-89891 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5000 0 80 771 5851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005026
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24521
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.21 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る