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万見
- PDB-1qd0: CAMELID HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAINS PROVIDE EFFICIENT COMBINING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qd0
タイトルCAMELID HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAINS PROVIDE EFFICIENT COMBINING SITES TO HAPTENS
要素VHH-R2 ANTI-RR6 ANTIBODY
キーワードIMMUNE SYSTEM / CAMELID VH / IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT / AZO-DYE
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chem-RR6 / : / R2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Spinelli, S. / Frenken, L.G.J. / Hermans, P. / Verrips, T. / Brown, K. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Camelid heavy-chain variable domains provide efficient combining sites to haptens.
著者: Spinelli, S. / Frenken, L.G. / Hermans, P. / Verrips, T. / Brown, K. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Naturally Occurring Antibodies Devoid of Light Chains
著者: Hamers-Casterman, C. / Atarhouch, T. / Muyldermans, S. / Robinson, G. / Hamers, C. / Songa, E.B. / Bendahman, N. / Hamers, R.
履歴
登録1999年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.52018年2月28日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VHH-R2 ANTI-RR6 ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1714
ポリマ－13,9281
非ポリマー1,2433
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: VHH-R2 ANTI-RR6 ANTIBODY
ヘテロ分子

A: VHH-R2 ANTI-RR6 ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3418
ポリマ－27,8552
非ポリマー2,4866
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area3520 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.700, 46.700, 121.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: 抗体 VHH-R2 ANTI-RR6 ANTIBODY


分子量: 13927.599 Da / 分子数: 1 / 断片: VARIABLE DOMAIN OF A HEAVY CHAIN ANTIBODY / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lama glama (ラマ) / Cell: PERIPHERAL BLOOD LYMPHOCYTE / 組織: BLOOD / 参照: GenBank: 4165532, UniProt: A2KD59*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-RR6 / 3-HYDROXY-7-(4-{1-[2-HYDROXY-3-(2-HYDROXY-5-SULFO-PHENYLAZO)-BENZYL]-2-SULFO-ETHYLAMINO}-[1,2,5]TRIAZIN-2-YLAMINO)-2-(2-HYDROXY-5-SULFO-PHENYLAZO)-NAPTHALENE-1,8-DISULFONIC ACID / AZO-DYE RR6 HAPTEN


分子量: 1116.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H25N9O22S6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, glycerol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mMhapten1drop
211 mg/mlVHH 1drop
310 mMTris-HCl1drop
41.3 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMsodium acetate1reservoir
66-7 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.933
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 57351 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 62
反射
*PLUS
Num. obs: 8364 / Num. measured all: 57351
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
AUTOMARデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化解像度: 2.5→12 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 800 -RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 8300 80 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 74 54 1105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 8157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.03

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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