[日本語] English
万見
- PDB-1qcx: PECTIN LYASE B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qcx
タイトルPECTIN LYASE B
要素PECTIN LYASE B
キーワードLYASE / PECTIN LYASE / BETA-HELIX PROTEIN / PECTIN / PLANT CELL WALL
機能・相同性
機能・相同性情報


pectin lyase / pectin lyase activity / pectate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase / Pectin lyase family / Pectate lyase / Amb_all / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / 分子置換, HEAVY ATOMS / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vitali, J. / Jurnak, F.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 1998
タイトル: The tree-dimensional structure of aspergillus niger pectin lyase B at 1.7-A resolution.
著者: Vitali, J. / Schick, B. / Kester, H.C. / Visser, J. / Jurnak, F.
履歴
登録1999年5月13日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PECTIN LYASE B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8381
ポリマ－37,8381
非ポリマー00
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.700, 88.800, 42.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 PECTIN LYASE B


分子量: 37837.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: Q00205, pectin lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMHEPES1drop
30.1 Mcitric acid1reservoir
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
2protein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 50124 / % possible obs: 73.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 18.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 204035 / Rmerge(I) obs: 0.054

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SDMSSOFTWARE PACKAGEデータ収集
SDMSSOFTWARE PACKAGEデータ削減
HEAVYモデル構築
PHASES位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータスケーリング
HEAVY位相決定
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, HEAVY ATOMS
開始モデル: FOR MOLECULAR REPLACEMENT: PARALLEL BETA HELIX OF PELE, ALL AMINO ACIDS REPLACED WITH ALA UNLESS COMMON IN THE TWO PROTEINS; HEAVY ATOMS: PT, HG

解像度: 1.7→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
詳細: FREE R WAS USED UNTIL LAST CYCLE WHEN ALL DATA WAS INCLUDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 3204 10 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.162 32007 91.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 0 339 3001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.5
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 411 10.6 %
Rwork0.204 3462 -
obs--90.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る