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- PDB-1qck: SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR BAF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qck
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR BAF, NMR, REGULARIZED MEAN STRUCTURE PLUS 20 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES
要素PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / INTEGRATION / AIDS / RETROVIRUSES
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation ...negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / chromosome organization / condensed chromosome / negative regulation of innate immune response / DNA integration / response to virus / nuclear envelope / chromatin organization / response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / chromatin / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barrier-to-autointegration factor, BAF / Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / : / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Barrier-to-autointegration factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SEE REMARK 7
データ登録者Clore, G.M.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999
タイトル: IMPROVING THE PACKING AND ACCURACY OF NMR STRUCTURES WITH A PSEUDOPOTENTIAL FOR THE RADIUS OF GYRATION
著者: Juszewski, J. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution Structure of the Cellular Factor Baf Responsible for Protecting Retroviral DNA from Autointegration
著者: Cai, M. / Huang, Y. / Zheng, R. / Wei, S.Q. / Ghirlando, R. / Lee, M.S. / Craigie, R. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1999年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR)
B: PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1472
ポリマ－20,1472
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 20INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES
代表モデルモデル #1restrained minimized mean

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR)


分子量: 10073.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75531

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE FIRST STRUCTURE IN THIS ENTRY IS THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE. THE REMAINING STRUCTURES ARE THE 20 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX600BrukerDMX6005001
Bruker DMX500BrukerDMX5006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS/XPLORMODIFIEDBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ精密化
CNS/XPLORMODIFIEDBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ構造決定
精密化手法: SEE REMARK 7 / ソフトェア番号: 1
詳細: SEE REMARK 7 THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE ...詳細: SEE REMARK 7 THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J.MAGN.RESON. SERIES B 104, 99 - 103), CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J.MAGN.RESON. SERIES B 106, 92 - 96) RESTRAINTS, 1H CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J.MAGN.RESON. SERIES B 107, 293-297; (1996) J.MAGN.RESON. SERIES B 112, 79-81), A CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL (KUSZWESKI ET AL. (1996) PROTEIN SCI. 5, 1067-108 AND (1997) J.MAGN.RESON. 125, 171-177), AND A TERM FOR THE RADIUS OF GYRATION (KUSZEWSKI ET AL. (1999) J. AM. CHEM. SOC. 121, 2337-2338). THE 3D STRUCTURE OF THE 21 KDA BAF DIMER WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR BASED ON 1655 EXPERIMENTAL RESTRAINTS (PER MONOMER): (A) INTRASUBUNIT: 288 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 267 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 190 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUE, AND 7 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 64 DISTANCE RESTRAINTS FOR 32 HYDROGEN BONDS; 257 TORSION ANGLE (84 PHI, 78 PSI, 60 CHI1 29 CHI2 AND 6 CHI3) RESTRAINTS; 66 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 165 (87 CALPHA AND 78 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS; 44 1H METHYL PROTON CHEMICAL SHIFTS; 259 DIPOLAR COUPLINGS (76 N-H, 76 CALPHA-C', 55 N-C' AND 52 HN-C'). (B) 48 INTERSUBUNIT INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS. RMS DEVIATIONS FOR RESTRAINED MINIMIZED MEAN STRUCTURE BOND LENGTHS : 0.0065 BOND ANGLES : 0.645 IMPROPER ANGLES : 0.809 TORSION ANGLES : 0.44 NOE : 0.024 3JHNA COUP : 0.95 13C SHIFTS RMS CA, CB (PPM): 1.06, 1.22 DIPOLAR COUPLINGS NH CACO NCO HNCO RMS DIPOLAR (HZ): 0.48 1.35 0.49 1.27 1H METHYL SHIFTS: 0.213 RESIDUE 500 WITH ATOMS OO, X, Y AND Z REPRESENTS THE MOLECULAR ALIGNMENT TENSOR FOR THE DIPOLAR COUPLINGS MEASURED IN A DILUTE LIQUID CRYSTAL. ATOM 2811 X ANI 500 206.152-144.189 1.390 1.00 94.16 ATOM 2812 Y ANI 500 205.428-140.345 3.032 1.00 94.09 ATOM 2813 Z ANI 500 202.691-142.020 0.244 1.00 93.80 ATOM 2814 OO ANI 500 205.638-141.460 0.255 1.00 93.81 THE STRUCTURE IN THIS ENTRY IS THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE AND THE LAST NUMERIC COLUMN REPRESENTS THE RMS OF THE 40 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES FOUND IN PDB ENTRY 2EZY ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE LAST NUMERIC COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES HAS NO MEANING.
代表構造選択基準: restrained minimized mean
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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