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- PDB-1qce: SOLUTION NMR STRUCTURE OF ECTODOMAIN OF SIV GP41, RESTRAINED REGU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qce
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF ECTODOMAIN OF SIV GP41, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE PLUS 29 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES
要素PROTEIN (GP41)
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRUS ENVELOPE PROTEIN / SIV GP41 ECTODOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Clore, G.M.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999
タイトル: Measurement of Residual Dipolar Couplings of Macromolecules Aligned in the Nematic Phase of Acolloidal Suspension of Rod-Shaped Viruses
著者: Kuszewski, J. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional solution structure of the 44 kDa ectodomain of SIV gp41.
著者: Caffrey, M. / Cai, M. / Kaufman, J. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T. / Covell, D.G. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Determination of the secondary structure and global topology of the 44 kDa ectodomain of gp41 of the simian immunodeficiency virus by multidimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy.
著者: Caffrey, M. / Cai, M. / Kaufman, J. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1999年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly ...citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GP41)
B: PROTEIN (GP41)
C: PROTEIN (GP41)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2943
ポリマ－43,2943
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area11690 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20340 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30
代表モデルモデル #1restraine minimized mean coordinates

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GP41)


分子量: 14431.267 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 27 - 149, NUMBERED 1 - 123 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: SOOTEY MANGABEY / 参照: UniProt: Q88031
配列の詳細1QCE A GB 431487 1 - 551 NOT IN ATOMS LIST 1QCE A GB 431487 675 - 876 NOT IN ATOMS LIST 1QCE B GB ...1QCE A GB 431487 1 - 551 NOT IN ATOMS LIST 1QCE A GB 431487 675 - 876 NOT IN ATOMS LIST 1QCE B GB 431487 1 - 551 NOT IN ATOMS LIST 1QCE B GB 431487 675 - 876 NOT IN ATOMS LIST 1QCE C GB 431487 1 - 551 NOT IN ATOMS LIST 1QCE C GB 431487 675 - 876 NOT IN ATOMS LIST

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN: D-HNCA
121D-HNCO
131D-HN(CO) CA
141D-HN(CA)CO D-HN(CA)CB
151D-HN(COCA)CB
161D-HN(CA) CB
171D-C(CC)(CO)NH
181HBHA(CO)NH
191HCACO
1101HNCO
1111HNHA
1121(H)CCH-COSY
1131(H)CCH- TOCSY
11414D (H)CCH 13C-13C NOE
1151QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS
11613D 15N- SEPARATED NOE AND ROE
11713D 13C-SEPARATED NOE
11813D 13C-SEPARATED/12C FILTERED NOE
11913D 13C- SEPARATED/15N-FILTERED NOE
12013D 15N-SEPARATED/ 13C-FILTERED NOE
12114D 15N/15N-SEPARATED NOE
12214D 15N/13C-SEPARATED NOE AND 4D 13C/13C-SEPARATED NOE EXPERIMENTS
12313D HCA(CO)N FOR THREE-BOND AMIDE DEUTERIUM ISOTOPE SHIFTS

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試料調製

試料状態pH: 3 / 温度: 322.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002
Bruker DMX750BrukerDMX7507503

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解析

NMR software
名称分類
CNS/XPLOR精密化
XPLOR/CNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: TERMS IN THE TARGET FUNCTION USED FOR SIMULATED ANNEALING: NOE (SUM AVERAGING) AND TORSION ANGLE RESTRAINTS 3JHNALPHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS AND THREE_BOND DEUTERIUMCALPHA(ND) ISOTOPE ...詳細: TERMS IN THE TARGET FUNCTION USED FOR SIMULATED ANNEALING: NOE (SUM AVERAGING) AND TORSION ANGLE RESTRAINTS 3JHNALPHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS AND THREE_BOND DEUTERIUMCALPHA(ND) ISOTOPE RESTRAINTS (GARRETT ET AL J. MAGN. RESON. B104, 99-103 (1994)). 13CALPHA AND 13CBETA CHEMISCAL SHIFT RESTRAINTS (KUSZEWSKI ET AL J> MAGN RESON B106, 92-96 (1995)) TERM FOR THE RADIUS OF GYRATION (KUSZEWSKI J, GRONENB CLORE, GM J AM CHEM SOC 121, 2337-2338 (1999)) TORSION ANGLE DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI J, GRONEN CLORE GM. PROTEIN SCI 5, 1067-1080 (1996); J. MAGN 125, 171-177 (1997)). COVALENT GEOMETRY RESTRAINTS (BONDS, ANGLES, IMPROPER QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM (NILGES. M, GRONENBORN, A.M., BRUNGER, A.T., CLORE, G.M. (1988) PROTEIN ENG. 2, 27-38).
代表構造選択基準: restraine minimized mean coordinates
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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